旅を続けるサトシ一行は、自然に囲まれた町・ミチーナに到着する。タッグバトルをしたトレーナーの案内で、遺跡に向かったサトシたちは、そこで時を司る神・ディアルガを呼び出す女性・シーナに出会う。 シーナからアルセウスについての言い伝えを聞いてた時、遂にアルセウスが長い眠りから覚め、人間を滅ぼそうと復讐のために現れる。

日本のとある地方都市「冬木市」に数十年に一度現れるとされる、持ち主のあらゆる願いを叶える「聖杯」。7人の魔術師（"マスター"）は7騎の使い魔（"サーヴァント"）と契約し、聖杯を巡る抗争「聖杯戦争」に臨む。聖杯を手にできるのはただ一組、ゆえに彼らは最後の一組となるまで互いに殺し合う。魔術を習うもその才能を見いだせず、半人前の魔術師として生きていた主人公・衛宮士郎。彼は偶然にもサーヴァントの1人・セイバーと契約したことから、「聖杯戦争」に巻き込まれてゆく。

マサラタウンで暮らす少年サトシは、ポケモントレーナーの資格を得る10歳の誕生日を楽しみにしていたが、当日の朝に大寝坊をしてしまう。慌ててオーキド研究所へポケモンをもらいに行ったサトシに残されていたのは、人間に懐こうとしないピカチュウだけだった。サトシとピカチュウはぶつかりあいながらも友情を深めていき、旅立つ日に偶然にも上空を飛んでいた伝説のポケモンと言われるホウオウを見て、いつか一緒に会いに行こうと約束する。旅の途中で出会ったトレーナーからホウオウにまつわる言い伝えを聞かされたサトシたちは、いつの間にかサトシの影に潜んでいた謎のポケモン、マーシャドーに導かれるようにして、ホウオウが住むテンセイ山を目指す。

かつてポケモンのことが大好きな少年だったティムは、ポケモンに関わる事件の捜査へ向かったきり、家に戻らなかった父親・ハリーとポケモンを、遠ざけるようになってしまった。それから年月が経ち、大人になったティムのもとにある日、ハリーと同僚だったというヨシダ警部補から父親が事故で亡くなったと電話がかかってくる。複雑な思いを胸に残したまま、ティムは人間とポケモンが共存する街・ライムシティへと向かう。荷物を整理するため、ハリーの部屋へと向かったティムが出会ったのは、自分にしか聞こえない人間の言葉を話す、名探偵ピカチュウだった。

サッカーとバスケットボールの要素を織り交ぜた新スポーツ「ポケモン・バッカーズ」のワールドカップが開かれるクラウンシティを目指していたサトシ達は、その道中でヤルキモノの集団に追い詰められていたポケモン・ゾロアと出会う。ゾロアはテレパシーを使い、「マァを助けに行く」とサトシ達に言う。ピカチュウ達の説得もあって、サトシ達はゾロアに協力する事を決め、ゾロアと共にクラウンシティへと向かった。 しかしサトシ達がクラウンシティに着いた時、街の旧市街に繋がる橋が全て封鎖されていた。伝説のポケモンであるライコウ・エンテイ・スイクンが悪のポケモン・ゾロアークに操られて暴れているのだという。そこへ巨大企業コーダイネットワークの社長・コーダイが旧市街に立ち入らないようにとモニターで勧告を出していた。しかし、その暴れているゾロアークこそがゾロアの探していた「マァ」だったのだ。

旅を続けるサトシ一行の前に、見たこともない小さなポケモンが現れる。それはかんしゃポケモンのシェイミであった。グラシデアの花畑に行く途中迷子になったようで、自分を花畑に連れて行くようサトシ達に頼む。しかし、突如シェイミが鏡の中に引き込まれ、同時にサトシとヒカリも引き込まれる。その先には、見たこともない不思議な世界が広がっていた。2人は、そこでこの世界を研究している"ムゲン"という科学者と出会う。 彼によれば、そこは"反転世界"と呼ばれる別の世界で、現実世界とちょうど裏表のように存在する世界なのだという。さらに、その2つの世界を自由に行き来できるポケモン・"ギラティナ"が棲む世界であることを教えられる。 ムゲンの手助けもあり、何とか現実世界に戻ることができたサトシ達。しかし、そこへシェイミを狙って謎の青年・"ゼロ"が襲いかかる。

人と魔物の大きな戦い「人魔戦争」が終結してから数年。先の皇帝が崩御したのち、帝国では空位状態が続いてはいたが、世界は概ね平和に見えた——。人々は根源たる力・エアルによって、繁栄を築き上げようとしていた。結晶化したエアルは魔核と呼ばれ、魔導器の動力源として暮らしに欠かせぬあらゆるものから、町を護る結界まで作り出していた。 そんな或る日、シゾンタニアの町に程近い、深い森のなか。帝国騎士団ナイレン隊に所属する新人騎士ユーリ・ローウェル、フレン・シーフォ、そしてふたりの先輩である双子姉妹騎士ヒスカとシャスティルは、エアル異常噴出の調査とそれに伴う魔物撃退の任務をこなしていた。騎士団にあこがれて、理想を胸に入団したユーリ・ローウェル。規律と正義を重んじるフレン・シーフォ。ふたりは帝都ザーフィアスの下町で育った幼なじみだったが、偶然入団式で数年ぶりの再会を果たしたのだった。 騎士団の隊長ナイレンは、異変を巡る調査を進めるにつれて、森の遺跡内に未知の魔導器が存在すると睨んだ。そして探索を進める最中、シゾンタニア一帯を巻き込む、大規模な異変が巻き起こる･･････。 騎士団員として行動を共にしながら、その主義の相違により反発しあうユーリとフレン。帝国の暗部を知ったふたりは、やがてそれぞれの「正義」を貫く覚悟を迫られることになる･･････。

自分に自信の持てない女子高生カスミは、ある日、不思議な声に導かれて異世界バベル大陸へと召喚される。そこは、伝説の存在・暗黒竜デストルークにより、錬金術も魔法も封じられ、“闇の魔人”が跋扈する世界だった。カスミは、彼女を召喚した魔法使いのリズ、そしてガンナーのエドガーと出会う。リズは「闇を封じる幻影兵」を召喚したつもりだったが、カスミはそのような力を持っていなかった。あてがはずれたことに落胆するリズとエドガーだが、カスミを放っていくこともできず、一緒にレジスタンスの村へと向かった。そこでカスミは熱を出して倒れてしまう。カスミはバベル大陸でもまったく無力のままだった。 魔の手は瞬く間に拡がり村を襲撃する“闇の魔人”たち。そこには闇に堕ちた幻影兵と化したザイン、セツナ、メラニクス姉弟の姿もあった。彼らはデストルークに召喚され、村を襲撃してきたのだった。絶望を目前にしたカスミの脳裏に、意外なビジョンがふと浮かび上がる。それは、カスミの中に眠る彼女の“本当の強さ”が目覚めようとしている兆しだった―

富裕層のみが暮らす“鉄拳シティ”の周囲に広がるスラムで目覚めた青年。彼は記憶を失い、自分が誰かも分からなくなっていた。ただ一つ自分を証明するものは、体に刻み込まれた殺人的な格闘術のみ。牧師と呼ばれる武装集団のボスに捕まった彼は、Kと名付けられ、牧師の支配する町で暮らすことになる。Kは牧師から世にはびこる罪人を処刑するという闇の任務を与えられるが、やがて彼は牧師の知られざる本性と驚愕の真実を知る。