Una jove dependenta d'una botiga, que acaba de ser acomiadada, troba un nadó abandonat, creient tots que és la seva mare biològica.

Els mutants són éssers humans amb alguna variació genètica que els dota de característiques especials. També són la més moderna minoria perseguida del món. Enmig d'un clima de ràbia i de persecució, el professor Xavier ha creat un institut, un refugi, per a aquests éssers poderosos. En aquest lloc, els iniciats són preparats per acceptar i dominar les seves habilitats, i posar-les al servei de la tolerància i el combat contra la creixent histèria col·lectiva que està amenaçant amb la seva existència. Però la reputació dels mutants serà encara pitjor quan un llança un devastador atac, cosa que comporta causes una pública recriminació cap a tots ells i nous poders per a la Mutant Registration Act i William Stryker, un líder militar que pretén acabar amb tots ells centrant-se a l'escola de X-Men.

En un futur proper, la humanitat comença a veure aparèixer una nova raça; els mutants. Dotats de poders estranys i variats, estan agrupats en dos bàndols: els que advoquen per la integració i l'entesa amb la humanitat, encapçalats pel doctor Charles Xavier, i els que busquen l'enfrontament amb una raça que consideren inferior i que els odia, dirigits per Magnus, àlies Magneto, un perillós mutant amb extraordinaris poders.

En X-Men: La decisió final, l'últim capítol de la trilogia cinematogràfica dels "X-Men", hi ha una "cura" per als mutants que amenaça d'alterar el curs de la història. Per primera vegada, els mutants poden triar: seguir amb la seva singularitat, encara que això els aïlli i els separi, o renunciar als seus poders i convertir-se en éssers humans normals. Els oposats punts de vista dels líders mutants, Charles Xavier, que advoca per la tolerància, i Magneto, que creu en la supervivència dels més aptes, es veuen sotmesos a la prova definitiva: desencadenar la guerra que posarà fi a totes les guerres...