Section 9 får hænderne fulde da "The laughing man", en berygtet cyber terrorist som har holdt lav profil i de sidste 6 år pludselig dukker op igen. Aramaki tror at politiet hovedmistænkte er en lokkedue, og han beordrer derfor sine folk til at undersøge sagen nærmere. Major Motoko Kusanagi er grundet "The Laughing mans" seneste trussel, imidlertid på en opgave for at beskytte politiets general direktør ved en presse konference. Dette bliver begyndelsen på Section 9's mange møder med "The Laughing man". I mellemtiden har de fået til opgave at pågribe en udenlandsk revolutionær og samtidig sætte en stopper for det der ligner en organ smugler ring. Majoren og Section 9 er stærkt besluttet på at få disse kriminelle pågrebet!
En dag i 1978 falder 12-årige David Freeman ned ad en skrænt i skoven og slår sig bevidstløs. Da han vågner og løber hjem, står en vildt fremmed kvinde i døren. Politiet møder også David med mistro, for han har været savnet i otte år, men er ikke blevet ældre. Samtidig gør en videnskabsmand fra NASA en opdagelse, der måske kan forklare, hvad der er sket med David ...
En militærrobot, Nr. 5, får svitset kredsløbene, da den rammes af et lynnedslag. Den begynder at tænke selv og får lyst til at nyde livet som pacifist i stedet for at sprænge kampvogne i luften. Så 'Johnny Five' stikker af og får husly hos den søde pige Stephanie, men militæret har andre planer for den løbske maskine. Heldigvis står ingeniøren Ben og hans kollega klar til at hjælpe den kære robot.
Henry, Ben og Kara er uden sammenligning verdens bedste taktiske jagerpiloter ... indtil deres team får et nyt umenneskeligt og usynligt medlem: sidste skrig inden for fuldautomatiske og ubemandede superhemmelige Stealth jagerfly. Men da det computerstyrede jagerfly først er lettet, lander det ikke igen. Jagerflyet efterlader sig et spor af ødelæggelse tværs over jordkloden, og teamet bliver nu sendt ud på en mission, der ikke må mislykkes – Stealth jagerflyet skal stoppes for enhver pris!
I det 22. århundrede, forsøger en videnskabsmand at rette den fejltagelse hans forfader begik: at løse gåden på æsken der åbner helvedes porte og slipper Pinhead og hans Cenobite legioner fri.