De computerhacker Neo komt er achter dat het leven op aarde niets meer is dan een computersimulatie, opgezet door machines om de mensheid in bedwang te houden. Hij wordt door enkele vrijheidsstrijders uit deze "Matrix" gehaald.

Alles speelt zich af in 2029. Het Ministerie van Buitenlandse Zaken heeft de ideale topagent, de 'Puppet Master' gemaakt. Deze is niet menselijk, heeft geen lichaam en kan zichzelf verplaatsen via de elektronische snelweg, het net.

In de toekomst vindt er een wereldoorlog plaats tussen de mensen en de machines. De machines sturen een Terminator terug in de tijd. Deze cyborg heeft maar één missie: het doden van Sarah Connor, omdat haar ongeboren zoon zal uitgroeien tot de leider van het menselijk verzet.

De machines hebben de locatie van Zion, de laatste menselijke stad, gevonden. De enige hoop voor de rebellen is The Keymaker, een man met toegang tot alle deuren naar de machinewereld. Hij wordt echter bewaakt door The Twins, een gedreadlocked duo dat kan verdwijnen en verschijnen als geesten. Agent Smith kan zich inmiddels als een virus in The Matrix vermenigvuldigen, wat de zoektocht voor Neo, Trinity en Morpheus bemoeilijkt.

In het midden van de 21e eeuw heeft de mens een nieuw type computer ontwikkeld, dat zich bewust is van zijn eigen bestaan. Deze vorm van kunstmatige intelligentie wordt onder andere gebruikt in robots. Eén van deze robots, een jongen, hoopt een echt mens te worden, om zo de liefde van zijn pleegmoeder terug te winnen.

Terwijl het een kwestie van uren is voor de machines Zion binnen zullen dringen moeten Trinity en Morpheus op zoek naar Neo, die gevangen zit in een wereld tussen de Matrix en de echte wereld. Wanneer het gevecht tussen de machines en de bewoners van Zion begint probeert Neo definitief af te rekenen met Agent Smith.

Oorlogsrobot Nummer 5 wordt geraakt door de bliksem, ontsnapt en denkt dat hij leeft. Nr. 5 gaat op zoek naar input, en ontmoet Stephanie Speck (Ally Sheedy) die hem/haar/het veel leert over Het Leven. De militairen willen het robotje vernietigen. De uitvinder Newton Crosby (Steve Guttenberg) die samen met Stephanie, Nummer 5 beschermt wordt verliefd op haar.

Ooit was ze een pientere oplichtster, nu is Julia de nieuwste gevangen gehouden vrouw. Haar lichaam en geest worden uitgebuit in een dodelijk experiment. Het enige obstakel dat haar haar vrijheid ontzegt is TAU, de geavanceerde artificiële intelligentie die in het geheim ontwikkeld werd door Alex, Julia's masochistische en enigmatische gijzelaar. TAU beschikt over een arsenaal aan drones en robots en Julia moet racen tegen de klok om de grenzen tussen mens en machine te overbruggen opdat ze haar vrijheid kan herwinnen.

De film speelt zich af in post-apocalyptisch 2018. John Connor heeft als lot het leiden van de opstand tegen Skynet en haar leger van Terminators. De toekomst die hij voorzag wordt veranderd door de komst van Marcus Wright, een vreemdeling wiens laatste herinnering is dat hij in een cel op de executie van zijn doodstraf zat te wachten. Connor moet bepalen of Marcus gezonden is vanuit de toekomst, of gered is vanuit het verleden. Samen trekken ze ten strijde tegen Skynet.

"We are all programmed to survive." Wanneer hun vaderland verstrikt raakt in een oorlog met betrekking tot artificiële intelligentie, poogt Georgia met haar vriendje Sam het conflict te ontvluchten. Het stel hoopt een veilig onderkomen te vinden, zeker nu in de laatste dagen voordat ze op bevallen staat. De twee komen terecht bij de vesting van de rebellerende androïden.

Parker is een gewezen politieagent en zit een 17 jaar opgelegde straf uit wegens doodslag op Matthew Grimes; de moordenaar van zijn vrouw en kind. Hij en zijn medegevangene John Donovan worden als proefkonijnen door de overheid gebruikt om een virtual reality systeem te testen dat dienst moet gaan doen als opleidingscentrum voor agenten van Los Angeles.

Het is 2127. Pinhead, de wrede cenobite, bevindt zich aan boord van een ruimtestation dat wordt gecontroleerd door dr. Merchant. De missie van Merchant is om de poorten tot de hel voor eens en altijd te sluiten omdat z'n voorvader uit de achttiende eeuw verantwoordelijk was voor het maken van de puzzeldoos waarmee diezelfde poorten tot de hel voor het eerst werden geopend.

Wetenschappers van de NASA staan voor een raadsel als ze onbekende signalen opvangen uit de ruimte. Omdat ze afkomstig lijken van iets dat zich in ons eigen zonnestelsel begeeft, wordt er een bemande missie op afgestuurd.