En un món compost per dues realitats, el que és quotidià i l'ocult darrere d'ella, Thomas Anderson es torna a veure obligat a anar darrere del conill blanc. Aquesta elecció continua sent la via d'accés a Matrix, que aquesta vegada és més poderosa i intrincada que de vegades anteriors.

Julian Michaels ha dissenyat el complex turístic definitiu, Vice, on tot s'hi val i els clients poden fer realitat les seves fantasies més salvatges amb els habitants artificials que miren, pensen i senten com els humans. Quan una artificial es converteix en autoconscient i s'escapa, es troba atrapada al foc creuat entre els mercenaris de Julian i un policia que està entossudit a tancar Vice, i aturar la violència d'una vegada per totes.