父親の帽子店で帽子を作って暮らしていた18歳のソフィーは、荒野の魔女の呪いで90歳の老婆の姿になってしまう。彼女はハンサムだが気弱な魔法使いハウルと出会って、彼の居城でいっしょに暮らすようになるが、その城は4本足で歩く動く城だった。

クマのブーグは、パークレンジャーのベスに育てられている甘えん坊のペット。彼はある日、ハンターのショーに捕らえられたお調子者のシカ、エリオットに出会う。そして、エリオットに必死に頼み込まれたブーグは、彼を助けてあげることに。しかし、しつこく付きまとってくるエリオットと行動を共にするうち、あちこちで問題を引き起こしてしまったブーグは、エリオットと一緒に森に放り出されてしまうハメに。慣れない自然界を抜け出して町へ戻ろうとするブーグとエリオットだが、執拗に追ってきたショーから逃げるのに四苦八苦の毎日。やがて“オープン・シーズン（狩猟解禁日）”が到来、ブーグは他の動物たちと共に、またしても銃を手に姿を現わしたショーに立ち向かうことになる。

元ペットの熊・ブーグと野生育ちの鹿・エリオットは大の仲良し。エリオットの結婚式が近づく中、森で暮らしていたダックスフンドのウィニーが飼い主に連れ戻されてしまう。エリオットとブーグはウィニーを探す旅に出る。

動物と話ができるお医者さんとして有名になった、ドクター・ドリトルは大忙し。そこへ野生のビーバーからSOSが入った。たくさんの動物の住み処である森が破壊されそうだという。森の伐採をやめさせるには、絶滅寸前品種の熊の繁殖地であることを証明しなければならない。そこで、ただ一頭残った野生のメス熊のお婿さん候補を探すのだが、見つかったのは、魚とりも満足にできないサーカス育ちの曲芸熊アーチ―だった。森と動物たちを救うため、何とか2頭の熊をカップルにしようと、ドリトル先生は大奮闘！そして、動物vs人間の対決が迫る！