Neo etsii epätoivoisesti totuutta Matrixista, josta puhutaan vain kuiskaten. Hän on varma, että se jollain sanoinkuvaamattomalla tavalla ohjailee hänenkin elämäänsä. Morpheus on elävä legenda, maailman vaarallisin mies, jolla Neo uskoo olevan vastaukset kaikkiin kysymyksiinsä. Morpheus puolestaan haluaa välttämättä löytää Neon. Hän uskoo, että Neo on "Valittu", jota odottaa suuri tehtävä. Kun miehet kohtaavat alkaa huikea ja samalla epätoivoinen kamppailu pelottavaa vihollista vastaan.
Lost Highway on yhtä aikaa kauhutarina, painajaismainen murhamysteeri, eroottinen film noir ja musta komedia. Sen maailmaan kuuluvat epätoivoiset miehet, kohtalokkaat naiset, kalliit autot ja halvat motellit. Lynch kuljettaa elokuvassaan rinnakkain kahta tarinaa. Yhdessä seurataan vaimonsa murhasta syytettyä jazz-muusikkoa ja toisessa nuorta mekaanikkoa, joka muhinoi gangsterin heilan kanssa.
Koneiden armeija valmistautuu hyökkäykseen. Smith-klooneja on kaikkialla. Neo lentää…mutta ehkäpä edes Valitun uskomattomat voimat eivät ole tarpeeksi pysäyttämään metallihirviöiden etenemistä. Uudet liittolaiset liittyvät ihmisten riveihin taistelussa vastustajia vastaan, joiden lukumäärä on lisääntynyt ja taidot päivitetty sitten viime näkemän.
Neo. Trinity. Morpheus. He ja muut sankarit seisovat joko voiton tai hävityksen partaalla eeppisessä sodassa koneita vastaan tässä upeassa Matrix-trilogian viimeisessä osassa. Neolle tämä merkitsee menemistä Konekaupungin sydämeen, mullistavaan välienselvittelyyn räjähdysmäisesti voimakkaamman luopio-ohjelma Smithin kanssa.
Claire Cooperin rauhallinen perhe-elämä muuttuu painajaiseksi kun hänen idylliseen kotikaupunkiinsa muuttaa salaperäinen sarjamurhaaja, joka tunkeutuu Clairen uniin muuttaen ne seuraavan veriteon temmellyskentäksi. Claire pystyy etukäteen kertomaan murhaajan jokaisen liikkeen... mutta kukaan ei usko häntä. Poliisi, hänen lääkärinsä ja hänen aviomiehensä ovat sitä mieltä että kaikki on Clairen häiriintyneen mielikuvituksen tuotetta. Niinpä Clairen on yksinään kohdattava tappaja - tämän määräämillä ehdoilla - ennekuin hänen seuraava painajaisensa muuttuu veriseksi todellisuudeksi!