Wanneer de meiden te waarheid leren achter het bestaan van magical girls, valt de een na de ander weg. Ondanks dit alles, blijft één magical girl doorvechten - Homura Akemi.

In de stad van Mitakihara, stuit Madoka Kaname, samen met haar vriendin Sayaka Miki, op een schepsel genaamd Kyubey en wordt van heksen gered door magical girl Mami Tomoe. Kyubey biedt Madoka en Sayaka de kans om een wens te vervullen in ruil voor het strijden tegen heksen als magical girls.

Korte film: De 14-jarige jongen Mayeul is erg populair en hij is een pestkop. Als Louise met oogletsel terugkomt op school, probeert Mayeul zijn betrokkenheid te verbergen, maar hij krijgt te maken met zijn schuldgevoel.