De to søstre, Mei og Satsuki, flytter på landet med deres kærlige, men nogle gange også lettere distræte far. Huset er hjemsøgt af små, levende nullermænd, som dog ikke er mere faretruende, end at de forføjer sig bort, så snart det runger af latter i stuerne. Den yngste pige falder ned i et dybt hul i jorden og vækker et af underskovens fabeldyr til live. Sammen med denne vidunderlige, flyvske og vennesæle ’skovvogter’ – Totoro, hedder den – begiver børnene sig ud på de mest fantastiske flyveture gennem og over skovene, bl.a. i en blød, tolvbenet kattebus, hvor dyrets øjne fungerer som billygter. Imens vokser den lille Totoro sig stadigt større, uden at den af den grund holder op med at ligne en forvokset kanin!

Section 9 får hænderne fulde da "The laughing man", en berygtet cyber terrorist som har holdt lav profil i de sidste 6 år pludselig dukker op igen. Aramaki tror at politiet hovedmistænkte er en lokkedue, og han beordrer derfor sine folk til at undersøge sagen nærmere. Major Motoko Kusanagi er grundet "The Laughing mans" seneste trussel, imidlertid på en opgave for at beskytte politiets general direktør ved en presse konference. Dette bliver begyndelsen på Section 9's mange møder med "The Laughing man". I mellemtiden har de fået til opgave at pågribe en udenlandsk revolutionær og samtidig sætte en stopper for det der ligner en organ smugler ring. Majoren og Section 9 er stærkt besluttet på at få disse kriminelle pågrebet!

Efter at have takket ja til en invitation fra en mystisk træner møder Ash, Misty og Brock Mewtwo – en kunstigt fremstillet Pokémon, der ønsker at komme i kamp.