Ένας χάκερ ανακαλύπτει ότι ο κόσμος γύρω του αποτελεί μια προσομοίωση της πραγματικότητας. Η ανθρωπότητα, εν αγνοία της, συντελεί στον ίδιο της τον αφανισμό, εκτός αν βρεθεί κάποιος να την αφυπνίσει.
Μετά την ανακάλυψη στη Σελήνη ενός μυστήριου, μαύρου μονόλιθου, που ίσως κρύβει πολλές απαντήσεις γύρω από την καταγωγή της ανθρωπότητας, ξεκινά ένα ταξίδι αναζήτησης προς το άγνωστο, ένα διαστημικό ταξίδι στον πλανήτη Δία. Αρχηγός της ομάδας, που συγκροτείται, είναι ο Ντέιβ, καθοδηγούμενος από έναν ηλεκτρονικό υπολογιστή τεχνητής νοημοσύνης, τον ΧΑΛ. Όμως ο ΧΑΛ, που ρυθμίζει τις λειτουργίες του σκάφους, θα παρουσιάσει ξαφνικά παράξενες διαταραχές και θα στραφεί ενάντια στους ίδιους τους κοσμοναύτες.
Η Γη έχει ερημώσει, καθώς οι περισσότεροι κάτοικοι έχουν αναζητήσει καλύτερη τύχη στις διαστημικές αποικίες. Ο Rick Deckard ανήκει σε μια ελίτ αστυνομική ομάδα, τους Blade Runners, που έχουν σαν αποστολή να "αποσύρουν" τέλεια ανθρωποειδή ρομπότ, όταν αυτά επιστρέφουν στην Γη.
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Ο ειδικός στους υπολογιστές Χάνον Φούλερ έχει ανακαλύψει κάτι τρομερά σημαντικό. Πρόκειται να ανακοινώσει την ανακάλυψή του στο συνάδελφό του, Ντάγκλας Χωλ, αλλά μαθαίνοντας πως κάποιος τον κυνηγάει, ο ηλικιωμένος άνδρας αφήνει ένα γράμμα στον παράλληλο κόσμο που έχει δημιουργήσει μέσα στον υπολογιστή του, ο οποίος είναι αντίγραφο της δεκαετίας του 1930 με φαινομενικά κανονικούς ανθρώπους που έχουν πραγματικά συναισθήματα.
Στο Σικάγο του 2035 η εταιρία USR έχει κυριαρχήσει στην αγορά των ρομπότ όντας η κατασκευάστρια εταιρία του NS-5, του δημοφιλέστερου και πιο εξελιγμένου μοντέλου. Όταν μια κατά τους άλλους προφανής αυτοκτονία ενός κορυφαίου επιστήμονα της USR κινεί τις υποψίες του ντετέκτιβ Σπούνερ, ξετυλίγεται το νήμα μιας συνομωσίας στους κόλπους της οποίας εμπλέκονται άνθρωποι, ρομπότ και συμφέροντα.
Μια οικογένεια "υιοθετεί" το πρώτο παιδί-ρομπότ που έχει προγραμματιστεί να αγαπά. Η συμβίωση όμως είναι δύσκολη κι ο μικρός αναγκάζεται να ξεκινήσει ένα μεγάλο ταξίδι για να ανακαλύψει πού ανήκει.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Το Νούμερο 5, ένα πειραματικό ρομπότ του στρατού, παθαίνει δυσλειτουργία όταν το χτυπά κεραυνός. Αποκτά ατομική βούληση, αισθήματα και φόβο μήπως επιστρέψει πίσω στο εργαστήριο και το επιστρέψουν στην πρότερη του κατάσταση. Η βοήθεια θα έρθει από τον Νιούτον Κρόσμπι, έναν ευγενικό άνθρωπο, και μαζί του θα προσπαθήσει να ξεφύγει από τον στρατό που το αναζητά, αλλά και να πείσει τον δημιουργό του πως αληθινά είναι ζωντανό.
Ένα άγνωστο νεφέλωμα κατευθύνεται προς τη Γη, καταστρέφοντας τα πάντα στο πέρασμά του. Ο κάπτεν Κερκ και το πλήρωμα του Εντερπράιζ αναλαμβάνουν να ερευνήσουν εάν πίσω από το συγκεκριμένο φαινόμενο κρύβεται κάποια οντότητα, και να αποκαταστήσουν την τάξη στο Γαλαξία.
Μετά από μια άνευ προηγουμένου σειρά φυσικών καταστροφών απειλητικών για τον πλανήτη, οι παγκόσμιοι ηγέτες αποφασίζουν να δημιουργήσουν ένα σύνθετο δίκτυο δορυφόρων προκειμένου να μπορέσουν να ελέγξουν τις κλιματικές αλλαγές και να κρατήσουν τον πλανήτη ασφαλή. Κάτι όμως, δεν πάει καλά… Το σύστημα που κατασκευάστηκε για να προστατέψει τη Γη, της επιτίθεται και πλέον οι επιστήμονες δίνουν μάχη με τον χρόνο για να εντοπίσουν την αιτία, πριν μια επικών διαστάσεων καταιγίδα καταστρέψει τα πάντα και τους πάντες στο πέρασμά της.