Terluka dan menderita amnesia, Jason Bourne mulai merekonstruksi kembali hidupnya. Namun, ia mendapati banyak orang yang ditemuinya justru menginginkan kematiannya.

Sekali lagi Bourne dibawa keluar dari persembunyiannya secara tidak sengaja oleh wartawan bernama Simon Ross untuk mengungkap Operasi Blackbriar, kelanjutan dari proyek Treadstone dalam serangkaian kolom surat kabar. Informasi dari wartawan mengungkapkan sebuah ingatan, dan Bourne akhirnya mengungkap masa lalu yang gelap sementara menghindari upaya terbaik Perusahaan untuk menyingkirkannya.

Saat menyelidiki kasus pembunuhan putri seorang jenderal, dua perwira polisi mengetahui serangan brutal bertahun-tahun sebelumnya dan upaya untuk menutupi kejahatan itu.