毎夜殺人鬼フレディに追いつめられる悪夢を見ていた少女ナンシー。危機一髪のところで目を覚ますのだがホッとする間もなくまたフレディが現れる。二重三重の悪夢と闘うナンシーの運命は果たして……。

霧の都・ロンドン。テムズ河に女性の全裸死体が浮かんだ。今回も犯行手口は縞柄のネクタイによる絞殺。市民は姿なき殺人鬼の相次ぐ凶行に震え上がっていた。そんな折、元妻を殺され容疑者になってしまったリチャードは、友人のラスクに助けを求めるが…。

ハンニバルはリトアニアで名門貴族の子息として生まれた。1944年、戦争で両親を失った彼は、妹ミーシャとふたりで隠れ家で暮らし始める。しかしある日、脱走兵たちにミーシャを殺され、ハンニバルは心を閉ざしてしまう。8年後、叔父を頼りにフランスへ向かったハンニバルは、叔父の日本人の妻レディ・ムラサキに迎え入れられる。ハンニバルは彼女のもとで高等な教育を受けるが、その一方で心の中に眠る残虐性を目覚めさせる。

世界中で爆発的人気を誇るヤツらが帰ってきた。しかし、今度の敵は一筋縄ではいきそうにない。旧敵たちと古代のモンスターたちが、謎のリーダーの指揮の下で手を組んだのだ。果たしてタートルズはニューヨークを守ることができるのだろうか!?