De eerste kapitein van de Sea Tiger moet nu de onderzeeër als schroot dumpen. Hij denkt terug aan de Tweede Wereldoorlog. Voor zijn eerste tocht werd zijn boot gebombardeerd, hij overtuigt zijn superieuren het niet op te geven, maar hij kan geen spullen krijgen en een admiraalshulpje zonder enige ervaring wordt aan zijn team toegevoegd.
Rollo en Betsy zijn twee verwende rijke mensen. Rollo wil Betsy ten huwelijk vragen en vervolgens op een luxe zeilschip op huwelijksreis naar Honolulu gaan. Betsy weigert echter en Rollo besluit om dan maar alleen op reis te gaan.
De Beatles reizen per gele onderzeeër naar Pepperland om de Blue Meanies, die een hekel aan muziek hebben, te verdrijven.
Louis-Phillippe Fourchaume is een heetgebakerde directeur van een Frans bedrijf dat zeiljachten ontwerpt ontslaat in een driftbui zijn ontwerper André Castagnier. Wat hij evenwel niet beseft, is dat de arme man zijn enige hoop is om een contract met een Italiaanse magnaat in de wacht te slepen. Druftkikker Fourchaume zal er dus alles aan moeten doen om Castagnier te overtuigen terug voor hem te komen werken. Helaas dreigen zijn oncontroleerbare woede-uitbarstingen zijn geniepig plannetje in het water te doen vallen...
Het verhaal speelt in de toekomst (1964) wanneer bijna al het leven op aarde is vernietigd door de radioactiviteit van een nucleaire holocaust. Alleen Australië is gespaard gebleven, maar het is slechts een kwestie van tijd voor ook zij de radioactiviteit zullen ondervinden.
Alan, zoon van een speelgoedwinkel-eigenaar, probeert een paar nieuwe actie-figuurtjes uit: De Commando Elite en de Gorgonites. Hij weet echter niet dat deze speeltjes ontworpen zijn om te bewegen en te praten. De fabrikant heeft echter zeer intelligente militaire computerchips gebruikt, waardoor de poppen in staat zijn te leren. Een veldslag tussen de Commando's en de Gorgonites staat op het punt te beginnen.
Batman en Robin, het dynamische duo dat de straten van Gotham City veilig houdt, moeten de strijd aanbinden met maar liefst vier aartsrivalen; de Joker, de Penguin, Catwoman en de Riddler. Dit duivelse kwartet is van plan om de top van de VN te de-hydrateren met de gestolen uitvinding van de ietwat vreemde kapitein Schmidtlapp.
Al zijn hele leven droomt commandant Tom Dodge er van om een atoomduikboot te besturen en na een aantal zware trainingen is hij eindelijk bevoegd. Omdat hij zeer geliefd is bij zijn bemanning, is het een onaangename verrassing voor hem wanneer hij te horen krijgt dat hij geen promotie zal maken. De marine geeft hem de opdracht om met een oude verroeste onderzeeër uit de Tweede Wereldoorlog en een stel mislukkelingen als bemanning een zee-gevecht te houden die hij, naar hij later hoort, opzettelijk dient te verliezen. Dit om er voor te zorgen dat de superieure Amerikaanse zee-vloot als een overdonderde winnaar tevoorschijn komt. Laat dit de Commandant nu net niet bevallen en hij zet alles op alles om zijn "tegenstanders" een hak te zetten.
Engeland, 1943: Tom Jericho is een briljante code-kraker die de Enigma-code waarmee de Nazi's met de U-boten communiceren heeft weten te kraken. De code is echter gewijzigd, en de race om de code te breken is opnieuw begonnen. Dit maal komt er echter een extra gevaar opduiken: er zou een spion aanwezig kunnen zijn onder de code-krakers, en het zou iemand kunnen zijn die dicht bij Tom staat.
Dr. Evil gebruikt een tijdmachine om terug te reizen naar 1969, waar hij Austin Power's mojo steelt. De Britse geheim agent moet nu terugreizen in de tijd om dit, met de hulp van Felicity Shagwell, terug te vinden. Ondertussen ruziet Dr. Evil vrolijk verder met zijn zoon, en bouwt 'ie een goede vriendschap op met Mini Me, een kloon van zichzelf, maar dan 8 keer zo klein.
In 1966 loopt een Russische onderzeeër vast op een zandbank voor de kust van Massachusetts. Na vergeefse pogingen om op eigen kracht los te komen, gaat een officier met een handjevol Russische zeelui stiekem aan land op een klein eilandje. Het duurt niet lang voor het gerucht zich verspreidt dat er Russische parachutisten zouden zijn geland.
Henry Limpet is een doodgewoon zakenmannetje met maar één wens: hij zou dolgraag een vis willen zijn. Op een dag wordt zijn wens verhoord en verandert Henry in een vis. Gelukkig is hij niet alleen, en samen met een groep andere vissen helpt hij het Amerikaanse leger bij het opsporen van Nazi-duikboten.
Al Crowthers en Melvin Jones ontmoeten elkaar in een rekrutering centrum van de marine en worden vrienden. Al heeft eerder geprobeerd zich aan te melden, maar werd altijd afgewezen. Hij blijft het proberen, zodat hij indruk kan maken op vrouwen. Melvin is allergisch voor damescosmetica en zijn arts schreef reizen over de oceaan voor, dus besloot hij bij de marine te gaan.
Dr. Evil en Mini-Me zijn ontsnapt uit hun gevangenis, om vervolgens samen met de slechte Goldmember een plan voor wereldheerschappij te verzinnen. Dit plan bestaat uit flink wat tijdreizen, en het kidnappen van de spion Nigel Powers, de vader van geheim agent Austin Powers. Terwijl Austin Dr. Evil, Mini-Me en Goldmember door de tijd achterna reist stopt hij in 1975. Hier krijgt hij hulp van een oude vriendin, detective Foxy Cleopatra.
De aanval op Pearl Harbor is zes dagen geleden. In California,vermoedelijk het volgende doelwit van Japan, grijpt paniek om zich heen. Overal in California staan de zenuwen gespannen. Chaos daalt neer over de hele staat. Een kapitein van de Army Air Corps, een burger met een gestoord gevoel van nationalisme, een burgerwacht en een motorbende openen allemaal de jacht op een Japanse onderzeeboot die van plan is om LA aan te vallen.