1988年、アメリカ・マサチューセッツ州ミドルセックス。ある晩、高校生ドニー・ダーコの前に銀色のウサギが現われる。ドニーはウサギに導かれるようにフラフラと家を出ていく。そして、ウサギから世界の終わりを告げられた。あと28日6時間42分12秒。翌朝、ドニーはゴルフ場で目を覚ます。腕には「28.06.42.12」の文字。帰宅してみるとそこには、ジェット機のエンジンが落下していてドニーの部屋を直撃していた。何がなんだか分からないながら九死に一生を得たドニー。その日から彼の周囲では、不可解な出来事が次々と起こり始めた。

1942年、日本統治下にあるジャワ島レバクセンバタの日本軍俘虜収容所で朝鮮人軍属カネモトがオランダの男性兵デ・ヨンを犯す。日本語を解する俘虜（捕虜）の英国陸軍中佐ジョン・ロレンスは、ともに事件処理にあたった粗暴な軍曹ハラと奇妙な友情で結ばれていく。 一方、ハラの上司で所長の陸軍大尉ヨノイは、日本軍の背後に空挺降下し輸送隊を襲撃した末に俘虜となった陸軍少佐ジャック・セリアズを預かることになり、その反抗的な態度に悩まされながらも彼に魅せられてゆく。 同時にカネモトとデ・ヨンの事件処理と俘虜たちの情報を巡り、プライドに拘る空軍大佐の俘虜長ヒックスリーと衝突する。東洋と西洋の宗教観、道徳観、組織論が違う中、各人に運命から届けられたクリスマスの贈りものが待っていた。

神科医のジョバンニは、妻パオラ、娘のイレーネ、息子のアンドレアと幸せに暮らしていた。が、ある日、アンドレアが事故で死んでしまう。父ジョバンニは、事故の当日、息子とジョギングの約束をしていながら急患の往診に出てしまい、そのことで自分を責め、仕事もやめてしまう。家族はいつまでも悲嘆に暮れ、いつしかお互いの関係さえも悪化させていく。そんなある日、息子宛に一通の手紙が届く。それは息子のガールフレンドからのものだった。やがて、ガールフレンドと悲しみを分かち合ううち、家族の中にも少しずつ変化の兆しが見え始めていく……。

短大の卒業を控え、日々就職活動に追われている一人暮らしの彼女。そんな彼女の飼い猫である“僕”は、ひたむきに頑張る彼女に寄り添い、ささやかながら安らぎの時間を分かち合っている。様々なことに悩み、傷つき、挫けそうになっても、いつも凛とした姿で扉を開け外の世界へと踏み出していく彼女。“僕”はそんな彼女のことが大好きで、いつまでも見守り続けたいと思っていた。

航空機墜落。地面に激突し真っ二つに引き裂かれた機体から、パニック状態の乗客たちを安全な場所へと導くひとりの男がいた。彼の名はマックス。妻と息子を持つごく普通の男性であったが、この事件をきっかけに、恐怖を超越、極度の苺アレルギーも一切なくなるなど、まさに別人に変わってしまう。 マスコミはまるで救世主のように書き立てた。そんな折、マックスは同じ事故で赤ん坊を死なせたカーラと接触。これを機に彼女は立ち直り始めるが、彼は妻と息子を拒絶するなど、どうしても元には戻れない。はたしてマックスはどうなってしまうのか…。

マギーは、仕事もせず男遊びばかりしていた。義理の母親に家を追い出されたマギーは、姉のローズの家に居候することになる。しかし、マギーはローズの恋人と浮気をした所をローズに目撃され、家を追い出されてしまう。行き場を失ったマギーは、亡くなったと聞かされていた祖母の家を訪れるのだが……。

空港で会ったグレッグと意気投合し、家族のもとへ急ぐ彼にチケットを譲ったバディ。しかしその飛行機が墜落したことを知り、強い罪悪感に苛まれることに。グレッグの残された家族を訪ねるが、正体を明かせぬままグレッグの妻と惹かれあい……。

空手の達人ミヤギは、戦友の孫娘のジュリーに出会う。両親を亡くし心を閉ざす彼女は、高校でも嫌がらせを受けていた。そんな彼女にミヤギは空手を教えることに。