東アジアに位置し、日本からも近い台湾。その土地を上空から眺めると、フォルモサ(麗しの島の意)と呼ばれるのも納得の美しい山や海や田園の風景が広がる。だが一方で近代化の波による影響で異変が起きているのも確かで、各地で環境破壊が起こっていた。

南極で研究を続ける古代気象学者ジャック・ホール教授は調査データから地球規模の自然危機を予感する。そして、その4か月後、東京などで異常気象が発生し彼の嫌な予感は現実味を帯びてくる。

誕生日の前日、自分に自信がない小学生の少女アカネの前に、謎めいた大錬金術師ヒポクラテスとその弟子ピポが現れる。自分たちの世界を救ってほしいと必死で訴える2人に無理やり連れて行かれたのは、骨董屋の地下室の扉から繋がるワンダーランドだった。不思議な動物や人が住むそのカラフルな世界は、色が消えてしまう危機に陥っていた。ワンダーランドを守る救世主にされてしまったアカネは大冒険を繰り広げ、やがて人生を変える決断を迫られる。