アメリカ西部開拓時代を舞台に、伝説の野生馬“スピリット”が数々の苦難を乗り越えて雄々しく生きる姿を描いたアドベンチャー・アニメ。製作はドリームワークス。

バブスは、9歳の誕生日プレゼントに子犬を欲しがっていたが、祖父から子豚をプレゼントされる。不満だったバブスだったが、子豚にクノールと名付けて一緒に過ごすうちに子豚が大切な存在になっていく。バブスはクノールと楽しい日々を送るが、このプレゼントにはある恐ろしい目的があった。

ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちがマダガスカル島に漂着してから数年後。ようやく飛行機でニューヨークへ帰る手筈が整うが、離陸して間もなく燃料切れで不時着してしまう。そこは、彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。様々な動物と交流を育むアレックスたち。だがそんな中、水が枯渇する事態に見舞われる。アレックスたちはその原因究明に奔走する。

山岳地帯でのレスキューに失敗し、アライグマの命を救えなかったエースはチベットの僧院にこもり魂の救済を求めていた。だが、アフリカのある部族に伝わる聖なる白い大コウモリ“シカカ”が盗まれたと聞き、相棒の猿のスパイクと共にその救出に向かった。二つの部族の間で行われる結婚式の日までに“シカカ”が取り戻せないと、部族間で戦争が起きてしまうのだ……。

敏腕女性弁護士マリアンヌはある日、死んだはずの婚約者リックとそっくりな男に出会う。戸惑う彼女がその男の素性を知った時、2人を狙う組織の影があった。メル・ギブソンとゴールディ・ホーンの共演で送るアクション。

チキン・リトルは内気でさえない男の子。空から奇妙なかけらが落ちてくるのを目撃するが、町の人々は彼をウソつき少年としてトラブルメーカー扱い。尊敬する父にも信じてもらえなかったことで、ますます自信を失うリトル。そんな時、彼は再び“空のかけら”を発見。変わり者の仲間たちとかけらの正体を追うリトルは、なんと大きな宇宙船に遭遇。かけらは宇宙船のパネルの一部で、やがて宇宙船団が出現し、町は大騒動に陥る。

動物と話ができるお医者さんとして有名になった、ドクター・ドリトルは大忙し。そこへ野生のビーバーからSOSが入った。たくさんの動物の住み処である森が破壊されそうだという。森の伐採をやめさせるには、絶滅寸前品種の熊の繁殖地であることを証明しなければならない。そこで、ただ一頭残った野生のメス熊のお婿さん候補を探すのだが、見つかったのは、魚とりも満足にできないサーカス育ちの曲芸熊アーチ―だった。森と動物たちを救うため、何とか2頭の熊をカップルにしようと、ドリトル先生は大奮闘！そして、動物vs人間の対決が迫る！