괌 부근에서 미군의 원자력 잠수함이 실종되는 사고가 일어났다. 구조대는 그곳에서 고지라를 목격하지만, 방위군은 고지라에 대한 대비를 소홀히 하며 낙관적인 자세를 견지하고 있었고, 50년전의 고지라 상륙시 양친을 잃은 타치바나 준장은 그런 방위군의 모습에 우려를 느꼈다. 같은 무렵, 일본 각지에서 괴수에 의한 것으로 보이는 괴사건이 일어난다. 우연히 이 사건에 말려든 마이너 방송 디지털Q의 기자 타치바나 준장의 딸, 유리는, ‘야마토 3성수’라고 하는 수호 괴수의 존재를 알게 된다. 고지라의 접근을 감지한 바라곤이 가장 먼저 깨어난다. 곧이어 고지라도 일본에 상륙해 나아간다. 바라곤은 하코네에서 고지라와 사투를 벌이지만 고지라의 압도적인 힘 앞에 바라곤은 쓰러져 버리고, 유리는 나머지 2대 성수의 부활을 믿으며 타치바나 준장이 지휘하는 방위군과 고지라의 최후 결전장인 요코하마로 향하게 된다, 바라곤에 이어 깨어난 모스라와 기도라도 고지라를 쫓아 요코하마로 향한다.

1999년, 대특수생물자위대 일명 특생자위대는 상륙한 고질라를 레이저포로 처치하려 하지만, 완패 당한다. 그러던 중 이에시로 아카네는 자신의 실수로 상관인 하야마가 죽자 변명도 하지 않고 자료과로의 이동을 감수한다. 한편, 정부는 고질라 살상용 병기 개발에 착수한다. 그리고 각계의 전문가들을 모아 1954년에 사망한 고질라의 뼈를 바탕으로 생체 로봇 제조에 들어간다. 그리고, 2003년 생체로봇 3호 기룡이 완성되자 특생자위대 안에 기룡대가 결성된다. 그중에는 3년간 묵묵히 신체를 단련해 온 이애시로 아카네의 모습도 있다…3호기룡, 일명 메가고질라와 고질라의 싸움을 특수촬영을 구사하여 박력있게 그리고 있다. 메가고질라의 조종사인 과묵한 여주인공을 맡은 사쿠 유미코의 터프한 모습도 인상깊다.

앤디(Andy Kaufman: 짐 캐리 분)는 어려서부터 밖에서 친구들과 놀기보다는 방안에서 혼자 벽을 쳐다보고 코미디를 하는 것을 즐기며 성장한다. 결국 자신의 소원대로 코미디언이 되지만, 앤디는 아이들이나 좋아할 만한 코미디를 하는 3류 코미디언으로 클럽무대를 전전한다. 성대묘사를 통한 공연으로 인기를 얻게 된 앤디. 우연히 그의 공연을 보게된 유명 매니저인 조지 샤피로(George Shapiro: 대니 드비토 분)의 눈에 띄어 발탁되어 자신의 재능을 인정받은 그는 첫 방송 출연에서의 성공으로 곧 시트콤 고정출연 제의를 받게 된다. 대본에 씌여있는 개그보다는 자신만의 개그를 선보이고 싶었던 앤디는 시트콤 출연에 따른 조건으로 자신의 쇼를 프로그램으로 만들어 줄 것과 토니 클랩튼(Tony Clifton)이라는 코미디언을 출연시켜줄 것을 제안한다. 조지 샤피로는 토니 클랩튼의 공연을 보러갔다가 그가 앤디 카우프만 자신임을 알게 된다. 엽기적인 행위와 기괴한 형태의 쇼를 선보이는 앤디의 인기는 나날이 늘어가지만 방송국 간부들 사이에서는 평가가 좋지 못하다. 사람들이 좋아하는 코미디는 선악의 대결이라는 생각을 지닌 앤디는 자신을 악을 사랑하는 인물로 만들어가며, 급기야 약한 여자들을 괴롭히는 레슬링 코미디를 시작하게 된다. 그러던 중 프로 레슬러 제리 롤러와 멤피스에서 프로레슬링 대결을 펼쳐지만 흠씬 두들겨 맞기만 하게 되고 '데이빗 레터맨쇼'에서 충돌을 빚자 방송국에서는 앤디의 출연을 꺼려하며 시트콤도 종용을 하게 된다. 삶의 의욕을 잃은 앤디는 설상가상으로 자신이 암에 걸린 사실을 알게 되는데.

1992년 갑자기 미래인들이 UFO를 타고 나타난다. UFO에서 나온 미래인 에미 카노, 윌슨, 그렌치코는 자신들이 2204년의 미래에서 왔으며, 일본은 21세기에 고지라 때문에 원자력 발전소들이 파괴되어 일본 전국토가 방사능에 오염되어 멸망할 운명이라는 것을 알려준다. 미래인들은 1944년, 2차 대전이 한창 벌어지는 중이던 태평양의 라고스 섬으로 가서 훗날 수폭 실험의 영향으로 고지라가 될 고지라사우루스(ゴジラザウルス)를 도랏토 3마리로 바꾸면서 1992년 고지라는 사라지고 도랏토가 원폭의 영향으로 킹 기도라가 되고 만다.

어느 날, 괴기현상 추적 사이트 SSP 회원들에게 의문의 기기가 배달된다. 그것은 울트라맨 엑스가 깃든 변신 아이템 엑스디바이저였다. 적의 함정에 의해 Xio 대원 오쿠라 대지(타카하시 켄스케)와의 유나이트가 해제된 울트라맨 X는 SSP와 방랑의 여정에서 돌아온 크레나이 가이(이시구로 히데오)에게 실종된 대지를 찾아달라고 부탁한다. 하지만 그것은 지구에 찾아온 새로운 위기의 전조일 뿐이었다. 우주에서 가장 사악한 마음을 가진 자를 찾아다니며 소유자의 능력을 증폭시킨다는 다크링. 그것을 손에 넣은 것은 아름다움을 사랑하고 아름다운 것을 보석으로 수집하는 사악한 우주 마녀 도적 무르나우(椿鬼奴)였다. 무르나우는 이미 깅가와 빅토리를 보석으로 바꾼 데 이어, 새로운 타깃으로 지구를 보석화해 컬렉션에 추가하려 한다. 그 배후에는 무언가를 계획하는 자글라스 저글러(아오야기 토모야)가 암약하고 있었다. 무르나우가 이끄는 극악무도한 외계인 군단 앞에 마침내 엑스마저도 보석으로 변해버린다! 과연 울트라맨 오브는 차세대 뉴제너레이션 히어로들을 구출하고 무르나우를 쓰러뜨릴 수 있을까-- 동료를 믿는 뜨거운 마음이 새로운 '유대의 힘'을 불러일으킨다! 새로운 '유대의 힘'을 불러일으킨다! 지구의 미래를 건 사상 최대의 결전이 드디어 시작된다!

평성 모스라 시리즈의 마지막 작품으로, 모스라가 최강의 적인 킹기도라를 물리치기 위해 최종 전투 모드인 '갑옷 모스라’로 변신하여 마지막 전투에 도전하는 이야기. 악명 높은 괴수 킹기도라가 부활하고, 새로운 에너지원을 찾아 일본 전역의 아이들을 하나씩 납치한다. 킹기도라는 우주에서 날아온 운석에서 나타나 일본 전국을 날아다니며 아이들을 납치하여 후지산 기슭에 나타난 돔에 가두었다. 위기를 감지한 요정인 에리아스 자매는 인판트 섬에서 모스라를 불러 킹기도라에 맞서지만, 백악기 지구에서 공룡을 멸종 위기에 빠뜨린 킹기도라에게는 이길 수 없었다. 이런 상황에서 모스라는 과거로 돌아가서 아직 어린 킹기도라를 물리치는 전략을 세운다. 그러나 이 작전에는 큰 위험이 따르는데, 한 번 과거로 가면 다시 현재로 돌아올 수 없기 때문이다. 이 최대의 위기에도 불구하고, 모스라는 어떤 일이 있어도 결심을 굽히지 않는다. 이렇게 모스라는 과거의 킹기도라와 싸우게 되고, 그 결과로 현재의 킹기도라가 고통받게 된다. 그러나 킹기도라는 다시 부활하게 되고, 모스라는 최종 변신인 '갑옷 모스라’로 변신하여 킹기도라와 마지막 전투를 벌이는데...

홋카이도 몬베츠의 공사 현장에서 거대한 화석이 발견되었다. 현장 감독인 고토 유이치는 화석에 붙어 있던 문장을 딸 와카바의 기념품으로 가져갔다. 그러나 그것은 옛날에 요정 엘리아스 일행이 우주 괴수 데스기도라를 봉인해 둔 것이었다. 봉인이 풀렸다는 것을 알게 된 인판트섬의 몰과 로라는 데스기도라의 부활을 막기 위해 일본으로 향했다. 한편, 그들의 언니이자 마녀인 벨베라 또한 데스기도라를 자신의 부하로 만들기 위해 졸개 갈갈을 대동하고 일본을 향했다. 와카바가 문장을 갖고 있다는 것을 알게 된 몰 등은 여동생 와카바와 어머니 마키코를 지키기 위해 큰 나무의 용기와 지혜를 빌리며 노력했지만, 벌써 와 있던 벨베라와의 전투에서 패배했다. 공사 현장으로 향한 벨베라를 뒤쫓아 요정들은 고토 가족과 함께 홋카이도로 날아갔다. 하지만 이미 늦었고, 벨베라에 의해 데스기도라가 부활했던 것이다. 데스기도라를 물리칠 수 있는 건 수호신 모스라밖에 없다고 생각한 몰과 로라는 인판트섬에서 모스라를 불러왔다. 그러나 갓 알을 낳은 모스라는 거친 데스기도라 앞에서 큰 고생을 했다. 그때 몰과 로라는 멀리 떨어진 인판트섬에서 알이 부화하는 것을 느꼈다. 갓 태어난 모스라 유충이 어미 모스라를 도우려 바다를 건너오고 있었던 것이다. 일본에 도착한 모스라 유충은 어미의 위기를 구하기 위해 과감히 데스기도라를 향해갔다. 하지만 아직 성장하지 않은 유충은 데스기도라의 상대가 되지 못했다. 유충을 감쌌던 어미 모스라는 목숨을 잃었다. 유충 모스라는 야쿠시마에서 번데기를 틀고 성체로 성장했다. 데스기도라 또한 성장하여 두 마리는 더욱 격렬한 전투를 벌였지만, 모스라의 힘을 믿는 몰과 로라, 그리고 지구의 평화를 바라는 고토 가족의 기도가 통해 모스라는 데스기도라를 물리칠 수 있었다. 벨베라로부터 문장을 되찾은 몰과 로라는 다시 땅속 깊이 데스기도라를 봉인했다. 모스라는 전투로 폐허가 된 대지에 생기를 되살리고, 몰과 로라와 함께 인판트섬으로 돌아갔다.

날아다니는 거북이 가메라는 사악한 외계인의 마법에 걸리지만, 두 명의 아이들이 가메라를 풀어주고 가메라는 외계인의 괴물 비라스와 싸우기 위해 돌아온다.

외딴섬으로 탐험을 떠난 사람들은 원주민이 신으로 숭배하는 갓파라는 존재의 알을 발견하여 도쿄로 가지고 온다. 알이 부화한 뒤 나타난 것은 날개 달린 도마뱀의 모습이었다. 고질라와 가메라에 필적할 갓파의 국내 첫 공개.