アポロとの死闘で判定負けしたロッキーは、危険なボクシングから足を洗い、恋人エイドリアンと結婚。正業に就いて家庭を築こうとするが、ボクシング一筋に生きてきた彼はどんな仕事をしてもうまくいかない。一方、無名のロッキーをKOできなかったアポロはチャンピオンとしてのプライドを打ち砕かれ、評価も人気も失っていた。復讐に燃えるアポロはマスコミを使ってロッキーを挑発、再戦のリングに引きずり上げようと画策する。

マサチューセッツ州の某大学の脳外科医ヒルの研究室で助手を務めるハーバート・ウェストはある日、死体を蘇生させる血清の発明に成功する。 ハーバートは血清の信用性を確かめるため、同僚のダンと共に死体置場で実験を試みるが、ゾンビとなって暴れだす死体の噂を聞きつけてやって来た学長のホルジーを殺してしまう。ハーバートとダンが血清でホルジーを生き返らせたところ、彼は狂暴なゾンビと化す。 さらに、ハーバートの血清の技術を奪おうとして彼に殺され、実験台にされていたヒルもゾンビと化して暴れ出したため、事態は混乱していく。

元バレエダンサーのドミニカはそのキャリアを終わらせるような怪我を負い、彼女の将来は一気に闇へと落とされる。そして、ある時ドミニカは秘密組織が運営する学校スパロウ・スクールから入学のオファーを受ける。その学校は、ドミニカのように突出した才能を秘めた若者を入学させ、心身とも武器として使えるように養成することを目的として設立されたものだった。厳しいトレーニングを終えたドミニカは、やがてスパロウ・スクール出身最強のスパイとなり、ロシアの機密事項を調査するCIA捜査官ナサニエル・ナッシュを誘惑して貶めようとするがドミニカとナサニエルは恋に落ちる。

名画『ホイッスラーの母』がロスに買い戻されることになったため、ロンドンの美術館は厄介払いも兼ねてビーンを派遣する。ロスで画商のデビッドに会ったビーンは、彼の家に居候することになる。だが、名画の前でくしゃみをしたため、鼻水で画は台無し。名画の披露パーティが刻々と迫るなか、ビーンは奇想天外な方法で名画の復元を行う。

2001年9月11日。ニューヨークは、いつもと同じ朝を迎えていた。港湾局警察に勤めるベテラン巡査部長のジョン・マクローリンや、同じく港湾局警察に勤めるウィル・ヒメノをはじめ、警察官たちも普通に業務を開始した。 だが、午前8時40分過ぎ、突如、タワー1（北棟）に、アメリカン航空11便が激突した。続いてタワー2（南棟）にも、ユナイテッド航空175便が激突。アメリカ国民だけでなく世界中の人が我が目を疑った。 ジョンたちは、上層階に取り残された人々を救出すべく、さらなる恐怖が迫っているとも知らずに部下たちと共にタワーへ向かった。

1999年12月31日。1000年紀(ミレニアム)最後の日に悪魔が復活。だが悪魔が世界を支配するためには、運命の下に生まれた一人の女が必要だ。教皇の命により悪魔の魔手から彼女クリスティーンを護るべく修道士がNYに飛ぶが、悪魔の前に成す術は無い。だが元刑事で今は民間警備会社で働くジェリコ・ケインは運命に導かれるまま、悪魔からクリスティーンを守る役目をまかされる事になる。新世紀を賭けた壮絶な死闘が今始まろうとしていた。