人類が初めて月を歩いた。ニューヨーク・メッツがワールドシリーズで奇跡の優勝を果たした。そしてニューヨーク郊外のベセルでは、3日間にわたり50万人もの若者が、彼らの世代を何よりも象徴するイベントに参加した――それは規模においても影響力においても前代未聞のコンサート、平和と音楽という旗印の下にあらゆる階層の人々が集い、一つとなった瞬間だった。彼らはそれをウッドストックと呼んだ。それから1年後、その音楽のエッセンスやしびれるようなパフォーマンス、それらを生で味わった人々の感動が、オスカーを獲得した記念碑的ドキュメンタリーの中で甦る。

少年時代からいつも一緒にいる一卵性双生児の兄弟、エリオットとビヴァリー。容姿はうり二つだが、性格は兄エリオットが社交的で野心家、弟ビヴァリーが内気な努力家と正反対。兄弟はトロントで婦人科医の医院を営むが、ビヴァリーは診察した女優クレアの子宮が3つに分かれていたので驚く。やがてクレアはエリオットと肉体関係を持つが、クレアはエリオットに双子の弟がいることを知らない。こうして異様な三角関係が生まれる。

北海道・函館にある斧江財閥の収蔵庫に、怪盗キッドからの予告状が届いた。今回キッドが狙うのは、幕末を生きた新選組副長・土方歳三にまつわる日本刀だという。ビッグジュエルを追い求めるキッドが、なぜ刀を狙うのか…？ 一方、西の名探偵・服部平次とコナン達も、函館で開催される剣道大会の為に現地を訪れており、犯行予告当日、平次がキッドの変装を見事見破り追い詰めるが…！？ 時を同じくして、胸に十文字の切り傷がつけられた遺体が函館倉庫街で見つかる。捜査線上に浮かび上がったのは、“死の商人”と呼ばれ、アジア一帯で武器商人として活動する日系アメリカ人の男。彼は戦時中の軍需産業に深く関わっていた斧江家初代当主が函館のどこかに隠したとされるお宝を探していた。それは、当時、日本の敗色濃厚だった戦況を一変させるほどの強力な兵器だという噂も…。 そして、そのお宝とキッドが狙う刀はどうやら関係があるようで、刀を狙うキッドに対し、謎の“剣士”の影が迫り… 刀に秘した“真実”が、闇夜を切り裂き、いま月下へと導かれる— 天下分け目のお宝争奪バトルミステリー、ここに開幕—！