“ゾーン”と呼ばれる謎の立入禁止区域。その奥にある部屋ではどんな望みも叶えられるという。“ストーカー”と呼ばれるゾーンの水先案内人は作家と物理学者を連れて、その禁断の地へ足を踏み入れる。

20世紀初頭のアメリカの農村地帯を舞台に、農場主と季節労働者の男女が織り成す愛憎模様を名匠テレンス・マリック監督が詩情豊かに描く、監督第2作。20世紀初頭、第1次世界大戦が始まったころ、シカゴの製鉄工場で働くビリー（リチャード・ギア）は仕事を辞め、妹のリンダ（リンダ・マンズ）と恋人のアビー（ブルック・アダムス）と共にシカゴを飛び出す。テキサスの農場で麦刈り人として働くことになったビリーだが、若き農場主チャック（サム・シェパード）がアビーに目を付けた…。

1952年の歳末、NYの高級百貨店でアルバイトをするテレーズは、クリスマスプレゼントを探しに店を訪れた優雅で上品な人妻キャロルと出会い、彼女に魅せられる。店に置き忘れた手袋をキャロルに送り届けたことから、彼女の知己を得たテレーズは、キャロルが夫ハージとの愛のない結婚生活に疲れ果て、いまや離婚協議中であること、そして娘の親権を彼に奪われそうになって苦しんでいることを知る。2人の距離は次第に縮まる。

日本が津軽海峡を挟んで分割占領された戦後世界。 1996年、北海道は「ユニオン」に占領され、「蝦夷」と名前を変えていた。「ユニオンの塔」と呼ばれる塔を建設し、その存在はアメリカとユニオンの間に軍事的緊張をもたらしていた。青森に住む中学３年生の藤沢浩紀と白川拓也は、飛行機を自力で組立て、そこまで飛ぶことを夢見ていた。また２人は同級生の沢渡佐由理に恋心を抱いており、いつの日にか自分たちの飛行機で、佐由理を塔まで連れて行くことを約束する。しかし、佐由理は何の連絡も無いまま姿を消し、浩紀は東京、拓也は地元の高校へ進学し、彼女が消えた喪失感を埋め合わせるように日々を送る生活が続いた。

高知の進学校から東京の大学に入学した杜崎拓は、吉祥寺駅のホームで武藤里伽子に似た女性を見かける。その後、はじめての夏休みに同窓会のために故郷・高知へと帰省する道中、拓はその高校時代を思い起こす。季節外れに東京から転校して来た里伽子との出会い、ハワイへの修学旅行、里伽子と2人だけの東京旅行、親友と喧嘩別れした文化祭。ほろ苦い記憶をたどりながら、拓は里伽子の存在を振り返っていく。

高校生の成田初(堀未央奈)は、優しい兄の凌(間宮祥太朗)、元気な妹の茜、そして両親と一緒に生活していた。ある日、彼女は同じマンションに住んでいる幼なじみの橘亮輝(清水尋也)に弱みを握られてしまう。彼からの命令に振り回される中、数年前に引っ越したもう一人の幼なじみで人気モデルの小田切梓(板垣瑞生)が戻ってくる。やがて初と梓は恋人同士になる。