Den kloge lille pige, Matilda, fødes ind i en plat og dum familie. Uønsket og misforstået sendes hun på sadisten Agatha Trunchbulls opdragelsesanstalt. Her møder hun den søde lærerinde, Miss Honey, og sammen hævner de sig på Trunchbull for hendes overgreb gennem tiderne.

Mellem to verdenskrige midt i 1930´erne, lærer frøken Brodie sine skolepiger om verdens mirakler med sprudlende entusiasme. Hvor elsket hun end er af sine elever, bryder den strenge skoleledelse sig dog ikke meget om hendes måde at lærer sine elever om sandheden og skønheden i kunst, historie, litteratur og sensualitet.