カウボーイ人形のウッディはアンディ少年の大のお気に入り。だがそれも誕生日プレゼントでアクション人形バズ・ライトイヤーを手にするまでの事だった。NO．1の座を奪われたウッディは何とかバズをこらしめようとするが、バズはバズで自分が本物のスペース・レンジャーだと思い込んでいる有り様。そんな二人がふとしたいざこざから外の世界に飛び出してしまう。なんとか我が家へ帰還しようとする二人だが、なんとアンディの隣に住む悪ガキのシドに捕まってしまった……。

フランスの片田舎。ネズミのレミーは天才的な嗅覚と味覚を持ち、いつの日かシェフになることを夢見ていた。もちろん、それが叶わぬ夢と知りつつ。人間のキッチンにとって、ネズミは最も嫌われる存在だからだ。しかしある日、古巣を追われた家族と逃亡の途中ではぐれてしまったレミーの前に、彼が最も尊敬する亡き天才シェフ、グストーのゴーストが現れる。グストーはレミーを、パリにある自分が経営していたレストランにまで導いた。

シュレックは他の人からは怖がられている怪物である。その外見とは裏腹に本質は心の優しい彼は、人里離れた沼地で一人気楽に暮らしていた。ある日、シュレックは森の中でお調子者でおしゃべりなロバのドンキーと出会う。シュレックに怯えて逃げた兵達を見てシュレックが自分を救ってくれたと思い込み嫌がるシュレックについて行く。ドンキーのおしゃべりにうんざりしたシュレックが戻ってみると、彼の沼地には妖精やおとぎ話の主人公達が押し寄せてきていた。

ある日、ウッディがオモチャ屋のアルにさらわれてしまう。ビンテージ品としての価値に目を付けたアルは、彼を博物館へ売りつけようと奔走。ウッディの友人であるバズたちは、彼を助けるためアルの行方を追う。

アニメーション映画スターであるロジャー・ラビットは今日もベビー・ハーマンと共に映画撮影の真っ只中。しかし、いつもの調子が出ずNGばかり出してしまう。ロジャーの妻ジェシカが浮気をしてるのではとの噂があるからだ。スランプに陥ったロジャーを心配したマルーンは私立探偵を雇う事にした。一方、探偵のエディ・バリアントは、かつてトゥーンに関わる仕事が大好きだったが、一緒に探偵をやっていた弟をトゥーンに殺害されて以来、トゥーンを憎んでいた。

旅の末、フィオナの呪いを解き、無事に結婚したシュレックとフィオナ。幸せな日々を送っていたが、ある日フィオナの両親から、結婚の祝いを行うので来る様にとの手紙が届く。嫌われるに決まっていると最初は渋っていたシュレックだが、同じく結婚したドラゴンと近頃気まずいというドンキーと共に仕方なくフィオナの故郷「遙か彼方の王国」に旅立ち、到着するもシュレックの予想通り、シュレックや怪物姿のフィオナを見た両親はびっくりし、怪物という偏見と考えが合わないことでシュレックと国王は喧嘩をしてしまう。

1607年、英国軍人ジョン・スミスはラトクリフ総督率いる開拓団に参加し、新大陸アメリカのヴァージニア植民地へ旅立つ。一方、そこに昔から暮らす先住民パウアタン族の首長の娘ポカホンタスは不思議な夢と精霊グランドマザー・ウイローに導かれ、開拓団の船を発見する。ポカホンタスは真っ先に上陸してきたスミスと運命的に出会い、2人は言葉が通じないながらも心を通わすように。だが先住民と開拓団は対立を深めていく。

発明家を夢見る天才少年ルイスは幼いころに母と生き別れ、養護施設で育つ。彼は一目母親に会いたいという一心で、忘れてしまった記憶を呼び戻すマシーンの開発に熱中し、見事成功。科学フェアでの発表の当日、彼の前に未来からやって来たという少年ウィルバーが現れ……。

引っ込み思案で何をやってもうまくいかず、クラスメートのルーシーや妹サリーにバカにされてばかりの少年チャーリー・ブラウン。そんなある日、彼は転校生の赤い髪の少女に恋をする。なんとか彼女に声を掛けたい彼は、花を持って彼女の家の前まで行ったものの、やっぱり一歩を踏み出す勇気が出ない。親友でもある愛犬スヌーピーの応援を受けて、チャーリー・ブラウンは意気地なしの自分を変えようと決心する。

閑古鳥が鳴く、宇宙のアミューズメント・パーク。集客のため、バッグス・バニーら地球の人気アニメキャラたち、“ルーニー・テューンズ”を誘拐して見せ物にしようと計画する。バッグスたちがパークから派遣された怪物“ナードラックス”に、バスケの試合の勝敗で彼らに同行するかどうか決めると持ちかけると、それは承諾され、バッグスはバスケ界を引退したばかりの大物ジョーダンに助っ人役を頼む。そして運命の大試合を迎える。

イギリスに住む９歳の少年ジェームズは両親をサイに襲われて亡くし、意地悪なふたりの叔母に引き取られていた。そんな彼の夢は、夢が叶う場所、ニューヨークへ行くこと。ある日、彼は見知らぬ老人から緑色に輝く不思議なものが入った袋をもらい、誤ってそれを桃の木の根元にこぼしてしまう。すると、みるみるうちに巨大な桃が育ち、それを一口かじったジェームズは桃の中へ。中には６匹の虫たちが待っていた。彼らと仲良くなったジェームズは、大きな桃に乗って、一路ニューヨークへと旅立つ。しかし彼らの行く手には思いがけないトラブルが待ち受けていた。

巨大隕石の衝突で地表が果てしない荒野と化した白亜紀の地球。イグアノドンのアラダー、キツネザルのプリオら生き残った恐竜や動物たちは、どこか生存に適した場所を求めて旅を続け、同じように移動していた草食恐竜の群れと出会う。その群れは、どこかにあるという伝説の楽園“生命の大地”を目指していた。一団に合流したアラダーたちだが、やがて彼らは、弱者を容赦なく切り捨てるリーダーのクローンのやり方に反発を覚える。

シュレックとフィオナは、沼のほとりの小屋には戻らず、遠い遠い王国で蛙の姿に戻り、病に伏せるハロルド国王の代理として騎士叙任や新造船の進水式、パーティへの出席に明け暮れる。面倒で慣れない行事に苦戦し、うんざりしていたシュレックだったが、フィオナの父であるハロルド国王の症状が悪化し、逝去してしまう。王位は自分に相応しくないと思ったシュレックは、ハロルド国王が言い残したもう一人の王位継承者、フィオナの従兄弟のアーサーを連れてくるべく、ドンキーとドラゴンの子供達や妊娠したフィオナに見送られ、ドンキーや長靴をはいた猫と旅に出る。

ボブが働くバーガーショップ“カニカーニ”にある秘密のレシピが、邪悪な海賊バーガー・ビアードに盗まれた。レシピの盗難でバーガーが作れなくなり、海底都市ビキニタウンは大混乱に陥る。ボブは大親友のヒトデのパトリックや、お隣さんのタコであるイカルド、リスの女の子サンディ、そして、カニカーニのオーナーであるカーニらとともに、海賊を追いかけて地上の世界へ。すると海賊はなんと自分のバーガー店を開いていた。

アメリカ西部で農場を営むパールは、借金を理由に土地を奪われそうになります。その状況をなんとかしようと農場のおばさん牛3頭が懸賞金のかかっている牛泥棒を捕まえて、その懸賞金で借金を返せば牧場を取られないと考え始めました。しかし、その懸賞金がかかっているアラメダ・スリムは、なんと歌声によってい牛たちを惑わせ牛を連れ去る技を持っていて、おばさん牛3頭たちも惑わされてしまうから、さあ大変です！

海の底に広がる大都会「リーフシティ」。そこに住むオスカーは大金持ちになりリーフシティのトップになるのが夢。ある日オスカーは、借金返済のための金を待ち合わせ場所の競馬場で誘惑に負けて賭けてしまった。運の悪いことに賭けに負けて、アーニー&バーニーによって深海にさらわれてしまった。ちょうど近くにきていたレニーとフランキーがオスカーを狙うが、運悪くフランキーがイカリに潰されて死んでしまう。アーニー&バーニーはオスカーがフランキーを殺したとカン違い。それをいい事に、オスカーは一躍大金持ちのヒーローになってしまう。

元ペットの熊・ブーグと野生育ちの鹿・エリオットは大の仲良し。エリオットの結婚式が近づく中、森で暮らしていたダックスフンドのウィニーが飼い主に連れ戻されてしまう。エリオットとブーグはウィニーを探す旅に出る。

退屈していたコンラッドとサリーの前に現れた、不思議なしゃべるネコ。つまらない1日を楽しくしてくれるのはいいけれど、あっという間に家中がメチャクチャに。