Na Godzillas gevecht met de Oxygen Destroyer wordt het monster Destoroyah op de aarde losgelaten. Godzilla staat op de rand van een nucleaire inzinking en zal zijn laatste krachten nodig hebben om ook Destoroyah te kunnen verslaan.
Tokio wordt opgeschrikt door een reeks gruwelijke moorden. De enige connectie tussen de moorden is een 'X' die in de nek van de slachtoffers is gekerfd. Telkens wordt de moordenaar gevonden vlak bij het slachtoffer, maar telkens weten dezen nergens iets meer van. Een detective en een psycholoog onderzoeken de zaak. Bij de laatste moord vinden zij een vreemde jongeman die een bepaald effect lijkt te hebben op iedereen die met hem in contact komt...
Japan wordt aangevallen door Godzilla, die na zijn mislukte aanval van vijftig jaar geleden op wraak zint. Godzilla is bestand tegen praktisch alle conventionele wapens, en uiteindelijk lijkt Godzilla alleen te verslaan door drie heilige monsters, die tot leven worden gewekt door de aanbidding van de zielen van in de tweede wereldoorlog omgekomen Japanse soldaten.
Hideo is een sukkelige manga-tekenaar die droomt van grote heldendaden. De matige relatie met zijn vriendin verslechtert dramatisch wanneer ze in een zombie verandert, evenals het overgrote deel van de Japanse bevolking.
Mayu, een tienermeisje, heeft haar hart voor niemand meer opengesteld sinds een vreselijk incident dat tien jaar geleden plaatsvond, en in plaats van naar school te gaan, gaat ze elke dag naar de kerk om verlossing te vinden. Dan verdwijnt Mayu op een dag plotseling in het bos. Ondertussen leefde Mana gelukkig samen met haar man en zevenjarige dochter, maar haar dochter Sakura werd vermist in het bos. Wat is er in vredesnaam in het bos gebeurd?
Het stadje Shimokage wordt voor de bouw van een dam gesloopt. Voor de laatste keer houden de inwoners hun mysterieuze ritueel, maar dat gaat niet goed. Kort daarna krijgt Masafumi Kobayashi, een tv journalist met een fascinatie voor het paranormale, een brief van een vrouw die rare geluiden hoort uit het huis van de buren. Hierbij maakt hij kennis met de laatste vrouw die deel heeft genomen aan het ritueel dat plaatsvond in Shimokage.
Yoshimi Matsubara is met haar ex-echtgenoot verwikkeld in een zware strijd over de voogdij van haar vijfjarige dochter Ikuko. Ondanks haar psychiatrisch verleden, hoopt ze sterker te staan door werk te vinden en een eigen appartement te huren. Door haar werk zal ze echter zo nu en dan haar dochter moeten verwaarlozen en bovendien blijkt er een grote vochtige plek te zijn op het plafond van het appartement en is de conciërge een oude, luie man. Naarmate haar verblijf vordert, begint de plek steeds groter te worden en Yoshimi vindt op het dak van het gebouw ook een rode kindertas die ze maar niet kwijt schijnt te geraken. Tevens begint Ikuko zich steeds vreemder te gedragen en krijgt ze een "denkbeeldig" vriendinnetje, dat misschien niet zo imaginair is als eerst lijkt.
Minami, een jonge Yakuza, heeft veel respect voor de oudere Ozaki, die ooit zijn leven redde. Hun baas echter, draagt Minami op Ozaki te vermoorden aangezien hij zijn verstand aan het verliezen is. Minami raakt verward van de situatie maar neemt Ozaki mee naar het Yakuza-gebied in Nagoya waar de moorden worden uitgevoerd. Onderweg ontstaan er echter onverwachte problemen.
Japan, 2001. De populariteit van het muziekbandje Desert golft door jeugdkringen in het hele land. Op een dag plegen 54 middelbare-schoolmeisjes in Tokio zelfmoord door zich op het station Shinjuku voor de rijdende trein te werpen. Dit lijkt een hele reeks zelfmoorden in Tokio in gang te zetten. De politie onderzoekt de zaak maar tast in het duister: is er geen sprake van toeval? Dan belt een jongedame de politie en wijst hen op een website die de sleutel zou kunnen zijn voor alle incidenten. Bovendien belt een mysterieus kind detective Kuroda persoonlijk op, en zegt dat er een volgende golf van zelfmoorden op handen is. Dan gebeurt er iets waar niemand op heeft gerekend...
Eén jaar na het eerste mysterie keren de vreemde GSM-oproepen terug. Kyoko, een lerares, en haar vriend Noata krijgen tijdens een gezellig avondje uit eten een erg vreemd telefoontje, wat hen aan de gebeurtenissen van één jaar geleden herinnert. Ze schieten in paniek en verzamelen een team deskundigen om zich heen om het naderende onheil alsnog af te wenden.
In de nabije toekomst is de politiemacht van Tokio geprivatiseerd. De nieuwe wetshandhaving heeft zijn handen vol aan een nieuw soort mutant dat de straten onveilig maakt en mensen van het leven berooft. Luca, die binnen de politie werkt, gaat met haar speciale manier van wetshandhaving de mutanten te lijf. Maar haar verleden maakt haar kwetsbaar.
77 jaar na het bombardement op Hiroshima blijft een kwaadaardige kracht rondhangen op de plaats van een nucleaire ramp. Degenen die deze wraakzuchtige geest tegenkomen, worden voor altijd verteerd door zijn toorn.
Op Laura's 27e verjaardag worden zij en zes vrienden door een psychomoordenaar in een kast opgesloten. Het blijkt dat ze deel uitmaken van een spel, waarbij fans de moorden live bekijken via een internetwebcast.