野原一家はミライマンに掛け軸の裏を通じて3分後の世界へ連れて行かれた。そこは東京タワーの近隣のビルの屋上に通じており、東京タワーの上空には繭のようなものが浮かび、怪獣が街を襲っていた。ミライマンは時空の乱れが原因で怪獣が次々に出現しており、3分後の未来へ行って怪獣を倒さないと危機が現実になってしまうと告げ、一家に協力を依頼。一家は怪獣退治のために、ミライマンが宿っているシリマルダシの人形を媒介にミライマンの力と正義の心で自由自在に変身する能力を得て怪獣に立ち向かっていく。

町の人々が、少しずつ本物そっくりのニセモノに入れ替わっているという“そっくり人間”の都市伝説が広まる春日部。しんのすけは、家族で買い物に訪れた大型スーパーで迷子になり、ニセモノのみさえとひまわりに捕まりそうになってしまう。危ういところを助けてくれたのは、国際秘密組織SRIの女性特捜官フィーニーだった。周囲の人々が次々とニセモノに変わる中、野原一家はフィーニーとともに町を脱出しようとする。

新町長の就任以来、エコロジー活動が盛んになった春日部市ふたば町。幼稚園で地域のゴミ拾いを手伝ったしんのすけは、河原で謎のドリンクを拾う。だが、ひろしとみさえがうっかりそれを飲んでしまい、ひろしはニワトリに、みさえはヒョウに変化し始める。やがて、新町長が実は過激な環境保護団体SKEB（スケッベ）の指導者であり、しんのすけが拾った薬は、環境破壊させないため人間を動物に変えてしまう試験薬だと分かる。

遠足で大型遊園地ヘンダーランドに出かけたしんのすけたちふたば幼稚園の園児と父兄一同。だが、園内で遊ぶうち、しんのすけは皆とはぐれてサーカスのテントへと迷い込んでしまう。彼はそこで、とらわれた少女メモリ・ミモリ姫と出会う。実は、彼女は異次元の国ヘンダーランドの王女だったが、悪のオカマ魔女、マカオとジョマに捕まっているというのだ。果たしてしんのすけは姫を救い出し、ランドの救世主となれるのか？

シロにそっくりな黒い犬を拾い、クロと名付けて飼い始めたしんのすけ。その夜、謎めいたセクシー美女プリリンに出会ったしんのすけは、彼女とともに外出し、不思議な扉を開けてしまう。だが、プリリンは暗黒の世界ドン・クラーイの帝王ダークの手下であり、しんのすけが開けた扉はドン・クラーイと地球をつなぐ闇の扉だった。そんなとき、マタという少女が現われ、しんのすけこそが闇を払う神器・金矛に選ばれし勇者だと告げる。

体験型アトラクションに入場したしんのすけたち野原一家は、なぜか悪の独裁者ハイグレ魔王が侵略を開始した別の世界に飛ばされてしまった。そこでしんのすけたちは、元の世界で人気の特撮ヒーロー“アクション仮面”が、実はこちらの世界の本物のヒーローだったことを知る。だが、魔王の工作でアクション仮面はしんのすけたちの世界に足止めされているという。行き掛かり上、魔王に立ち向かうはめになった野原一家だった。

突然現われた謎の一団に眠らされたしんのすけたち野原一家。彼らが目覚めたのは、日本中の温泉を守る政府組織・温泉Gメンの秘密基地だった。Gメンによると、ドクター・アカマミレ率いる風呂嫌いの秘密結社が、南極の氷を溶かして地球を水没させる“地球温泉化計画”をたくらんでいるという。彼らに対抗するには、伝説の温泉“金の魂の湯”、略してキンタマの湯の力が必要なのだが、それがなんと野原家の地下にあるというのだ。

野原家の愛犬シロのお尻に、宇宙から落ちてきた爆弾がくっ付いてしまった。宇宙監視センターUNTI（ウンツィ）が早速爆弾の回収に動き出す一方、その情報を傍受した女性テロ集団ひなげし歌劇団もまた、爆弾をわが物にしようとたくらむ。UNTIからシロの爆弾が地球を吹き飛ばすほどの威力があることを知らされたひろしとみさえは、人類のためやむなくシロを渡そうとするが、納得いかないしんのすけはシロを連れて脱走する。

国際諜報組織SMLの女性エージェント“お色気”は、秘密結社“ブタのヒヅメ”の空中要塞から新兵器の重要パーツを盗み出した。要塞から脱出した彼女は東京湾に着水、近くを通りがかった屋形船へと逃れた。折りしもその船では、しんのすけたちふたば幼稚園の一行が遠足の真っ最中。しんのすけと仲間たちは“お色気”もろとも空中要塞に捕まってしまう。一方、野原家のもとに、SMLのエージェント“筋肉”が現われる。