Το λιοντάρι Άλεξ, η ζέβρα Μάρτι, η καμηλοπάρδαλη Μέλμαν, ο ιπποπόταμος Γκλόρια και τρεις... πιγκουίνοι, ενώ έχουν ζήσει όλοι τους τη ζωή σε ένα ζωολογικό κήπο, κατά λάθος αποβιβάζονται στα παράλια της Μαδαγασκάρης. Εκεί, θα διαπιστώσουν ότι η ζωή στην άγρια φύση δεν είναι καθόλου εύκολη, ακόμα και για τα πιο... άγρια ζώα!
Όταν ποσότητες ραδιενεργών αποβλήτων έρχονται σε επαφή με τέσσερα χελωνάκια κι έναν αρουραίο στους σκοτεινούς υπονόμους της Νέας Υόρκης, η χημική αντίδραση που δημιουργείται προκαλεί κάτι αδιανόητο. Ο αρουραίος είναι πλέον ο σοφός δάσκαλος Σπλίντερ και οι χελώνες… χελωνονιντζάκια! Ο Ραφαέλ, ο Μικαλάντζελο, ο Ντονατέλο κι ο Λεονάρντο είναι άσοι στο να τρώνε πίτσα και να καταπολεμούν το έγκλημα με τις γνώσεις τους πάνω στις πολεμικές τέχνες. Ο εχθρός ονομάζεται Σρέντερ και η επιθυμία του να κατακτήσει τον κόσμο μπορεί να βρει κόντρα μονάχα από τους τέσσερις ήρωες.
Οι Χελώνες και ο Σρέντερ μάχονται για άλλη μια φορά, αυτή τη φορά για το τελευταίο δοχείο της λάσπης που δημιούργησε τις Χελώνες, το οποίο ο Σρέντερ θέλει να δημιουργήσει έναν στρατό νέων μεταλλαγμένων.
Καθώς πλησιάζει ο χειμώνας, ένα κοπάδι πουλιών πετάει νότια προς αναζήτηση θερμότερου κλίματος.
Το κοινό ξεναγείται σε ένα εργοστάσιο μωρών που λειτουργεί από πελαργούς. Στη συνέχεια, καλούμαστε να ακολουθήσουμε την μπάλα που χοροπηδάει και να τραγουδήσουμε μαζί το " Πρίτυ Μπέιμπι".