カリスマ的な統率力を誇る猿のシーザーが、仲間を率いて人類への反乱を起こしてから10年後。遺伝子の進化、知能と言語の獲得により猿たちはさらに進化を遂げ、独自の文明を形成、森の奥に平和なコミュニティを築いていた。一方、10年前に自らが生み出したウイルスにより人類は90％が死に追いやられ、僅かな生存者グループは、荒廃した都市部の一角に身を潜め、希望なき日々を過ごしている。そんなある日、人間たちが資源を求めて森に足を踏み入れたことから、猿たちとの間に危うい緊張が走る。

敏腕記者エディ・ブロックは、人体実験で死者をだしているという＜ライフ財団＞の真相を追う中、シンビオートと呼ばれる地球外生命体を発見し接触してしまう。この意思を持った生命体との接触により、エディの体は寄生され一体化し、ヴェノムとなる。ヴェノムはそのグロテスクな体で容赦なく人を襲って喰らう。エディは自分自身をコントロールできなくなる危機感を覚える一方、少しずつその力に魅了されていく。

サンフランシスコ沖に浮かぶ違法カジノ船「マシンガン・ケリー号」から金を奪おうと、船に乗り込んだルパン・次元・不二子・五ェ門の4人であったが、ルパンからの予告状を見て現れた銭形警部の活躍によって計画は失敗してしまう。しかし、ルパンの真の狙いはカジノ船の金ではなく、船が調査している海底の地形データであり、ルパンはそちらを盗む事には見事成功していた。ルパンは、そのデータを基にサンフランシスコ沖に眠る沈没船「ヤンキー・スレード号」に積み込まれていた金塊を手に入れようとしていたが、カジノ船の持ち主である秘密結社「シークレットセブン」に誘拐されてしまう。