Japó, 1929. Chiyo, una nena de nou anys, és venuda pels seus pares per treballar a la casa de Geishas de Nitta Okiya. La seva germana major Satsu no és acceptada i és enviada a un prostíbul. A la casa Chiyo coneix Pumpkin, una altra nena que serà instruïda per ser geisha, així com les famoses geishes Hatsumomo i el seu rival Mameha. Els començaments de Chiyo són durs, però una trobada amb què serà l'amor de la seva vida, el President, farà que des d'aquell moment només vulgui convertir-se en una famosa geisha per estar més a prop seu.
Segona Guerra Mundial (1939-1945). La batalla d'Iwo Jima (1945), l'episodi més cruent de la guerra del Pacífic, va quedar immortalitzada a la foto d'uns soldats que hissaven una bandera nord-americana. L'objectiu d'aquesta batalla era prendre un illot insignificant, però de gran valor estratègic, ja que des d'allà els japonesos defensaven el seu territori. A la contesa van caure més de 20.000 japonesos i 7.000 nord-americans. Mentrestant, als Estats Units la cèlebre foto en què sis soldats hissaven la bandera americana va ser un instrument propagandístic per aconseguir fons que permetessin seguir sufragant les despeses de la guerra. El mateix any el propi Eastwood va dirigir "Cartes des de Iwo Jima", que narra la mateixa batalla des del punt de vista japonès.
Una parella de policies de Nova York viatja al Japó per entregar un mafiós a la policia nipona, però aquest aconsegueix escapar-se. De manera obsessiva decideix quedar-se al Japó per capturar-lo, però xoca amb les tradicions del país.
Al Japó, al segle XVII. Quatre samurais persegueixen el príncep Kenshin que s'ha amotinat contra el seu pare. Detingut i empresonat, Kenshin agafa un ceptre. Dels nostres dies, a Nova York, la periodista April O'Neil, ha vingut a oferir als seus amics Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo i Splinter el mateix ceptre que ha trobat en un antiquari. Mentre que en llegeix la inscripció, desapareix i Kenshin apareix en el seu lloc. Les quatre tortugues Ninja tornen al segle XVII per lliurar April i ajudar la princesa Mitsu a resistir a la invasió de les tropes del rei Norinaga. Seran ajudats per un jove pirata Whit Whitley, l'avantpassat de Casey Jones…