L'espectacular batalla entre els Evangelion, les màquines de combat definitives creades per la humanitat, i les insondables entitats conegudes com a Ángeles s'intensifica fins a aconseguir el punt de ruptura a partir del qual ja res tornarà a ser com abans. Sota l'incessant ataqui invasor, l'agència NERV activa dues noves unitats d'Eva pilotades per la misteriosa Mari Illustrious Makinami i l'agressiva Asuka Langley Shikinami.

Quin és l'origen del Detectiu Conan? Com és que va passar de ser un adult a tenir el cos d'un nen petit? Aquests i altres misteris de la sèrie es desvelen en aquesta "TV movie", que ha esdevingut un veritable fenomen al Japó.