És el món el que sembla? Thomas Anderson, programador d'una important empresa de software i hacker informàtic amb el sobrenom de Neo, descobrirà que no. Contactarà amb ell un estrany grup encapçalat per Morfeu, qui el mostrarà la veritable realitat que s'amaga darrere l'aparença: un món dominat per les màquines, les quals esclavitzen la humanitat per a utilitzar els nostres cossos com a simple font d'energia. Però, i la nostra ment, on es troba aleshores? La resposta es troba dins Matrix.
Daniel Larusso arriba a Los Angeles procedent de la costa Est dels Estats Units disposat a fer nous amics. No obstant això, es converteix en el blanc dels atacs dels Cobres, un grup hostil d'estudiants de karate, quan comença a sortir amb Ali, l'antiga núvia del lider de el grup. En aquesta situació, no té més remei que demanar-li ajuda a Miyagi, un mestre d'arts marcials, perquè li ensenyi karate. Sota la tutela de Miyagi, Daniel desenvolupa no només les seves aptituds físiques, sinó també la seguretat en si mateix que necessita per superar tots els obstacles.
Thomas "Neo" Anderson va prendre una costosa decisió quan va decidir fer la pregunta que Morfeu i Trinity havien formulat abans que ell. Cercar i acceptar la veritat. Alliberar la seva ment de Matrix. Ara, Neo adquireix un major domini dels seus extraordinaris poders mentre Sió cau assetjada per l'Exèrcit de les Màquines. Només una qüestió d'hores separa a l'últim enclavament humà a la Terra de 250.000 Sentinelles programats per destruir a la humanitat. Però els ciutadans de Sió, animats per la convicció de Morfeu que l'Elegit farà realitat la Profecia de l'Oracle i posarà fi a la guerra amb les Màquines, posen totes les seves esperances i expectatives en Neo, que es troba bloquejat per visions inquietants mentre cerca quines mesures prendre.
En James Carter és un agent de l'FBI a qui els seus superiors han hagut de cridar l'atenció per la seva actitud agressiva. Com a última oportunitat li encomanen la protecció de l'agent xinès Li, que ha arribat als Estats Units per rescatar la filla d'un alt càrrec governamental que està segrestada. El que no sap Carter és que Li és un dels lluitadors més destacats en el món de les arts marcials. A tots dos els costarà entendre's i col·laborar.
Queden vint hores per a la irrupció de les màquines a Sió, el darrer bastió dels humans lliures. Mentre el cos de Neo roman en coma, la seva consciència es troba a terra de ningú, en un lloc entre el món humà i el de les màquines.
Un adolescent (Michael Angarano), obsessionat amb el cinema d'Hong Kong i els clàssics de kung-fu, fa un extraordinari descobriment en una petita casa d'empenyoraments del barri xinès. Descobreix per casualitat el llegendari bàcul d'un savi guerrer xinès, més conegut com el Rei Mico (Jet Li). Gràcies a la relíquia, el jove retrocedeix en el temps fins a l'antiga Xina, on s'uneix a un grup de guerrers experts en arts marcials que intentaran alliberar el Rei Mico.