يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.
تحكي القصة عن المأمور وودي الذي يتعرض للإصابة كلعبة في بداية الفيلم فيتم ركنه على الرفّ ويجد صديقة القديم المريض بسبب الركنة ولما يحاول إنقاذه من البيع كروبابيكيا يقوم أحد المتجولين في معرض الروبابيكيا بسرقة المأمور وودي لأغراض ربحية وتدور القصة بعد ذلك حول محاولة أصدقاء المأمور وودي بقيادة باز يطير لاسترجاع صديقهم وإنقاذه إلى أنهم يجدوا الكثير من المفاجآت ولكنهم يعدوا في نهاية الفيلم وقد انضم إليهم صديقين جدد.
يعلم مارتي مكفلي بأن حياة صديقة الدكتور إيميت براون في خطر ، بينما يستمتع براون بالحياة الهادئة في عام 1885، فيقرر السفر إلى الماضي لإنقاذ صديقه. ويتلقى مارتي رسالة من د. إيميت تعود عمرها للقرن الماضي، يخبره فيها أنه قرر العودة بالزمن إلى عام 1885، وأنه قد خبأ آلته بمنجم مهجور خارج المدينة.
يبدأ الجزء الثاني من حيث انتهى الجزء الأول، بعدما تحولت الأميرة فيونا إلى غولة قبيحة وتزوجت شريك وعاشا معا في مستنقعة، يتوجب على فيونا وشريك زيارة والديها الملك والملكة بعد فترة غياب عنهما طويلة، لكنهما يصابان بصدمة كبيرة، بعد لقائهما مع ابنتهما في هيئتها الجديدة، تتقبل الملكة الأم الواقع الجديد الأليم، بينما يرفضه الملك ويقرر التخلص من شريك، وبعد فشله بجميع المؤامرات، يلجأ إلى الجنية العرابة لتعيد له ابنته بصورتها الحقيقة، ولكنها تشترط عليه أن تتزوج من ابنها المغرور.
بعد مرور عامين على مكافحة (بيتر باركر)، يشعر بعدم السعادة وتبدأ حياته في الانهيار، بعد أن وجد (ماري) الفتاة التي يحبها مغرمة بشخص آخر، كما تبدأ الصحف في القول بأنه مجرم، فيقرر ألا يواجه الجريمة مرة أخرى، لكن يظهر (دكتور أوتو أوكتافيوس) الذي يقوم بعمل شيء شرير وخطير، فيعود بيتر لمهامه من جديد.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
في العام الدراسي الجديد، يتعرض جريج للعديد من المضايقات المتكررة من شقيقه رودريك، وبينما يسعى جريج للوصول على وفاق معه، يهدد سر كل شيء في حياة الشقيقين.
بينما تمضي لارا جين قدمًا في حياتها وتأخذ علاقتها ببيتر على محمل الجد، تنقلب حياتها تدريجيًا مع دخول فتى من الماضي حياتها، وهو الفتى الذي كانت تراسله في الماضي.
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
نعود بعد عام كامل لـ (كيفين) الذي وجد عائلته قررت قضاء فترة الكريسماس في فلوريدا ونتيجة لتأخرهم في الاستيقاظ يسارعون للحاق بالطائرة يفقدهم كيفين ويركب عن طريق الخطأ الطائرة إلى نيويورك ليكتشف أنه سيقضي العطلة مرة أخرى وحيدًا يستطيع الاحتيال على مسئولي فندق بلازا، ويقيم هناك لكن لسوء حظه الشديد يتصادف هروب هاري ومارف من السجن ووجودهم في نيويورك لتدور بينهم مرة أخرى مغامرة من أمتع ما يكون.
يحصل (الرجل العنكبوت) على مفتاح المدينة نتيجة لجهوده في إنقاذ حياة ابنة العمدة، والمدينة ككل، ونتيجة لذلك يصيبه الغرور، وتتوتر العلاقة بينه وبين حبيبته (مارى جين)، ويواجه بعد ذلك مخلوقًا طفيليًا قادمًا من الفضاء الخارجى لديه القدرة على إضفاء روح عدوانية شريرة.
يبحث الناشط الحكومي اللطيف " جيمس بوند " عن اختراع مسروق يمكنه تحويل حرارة الشمس إلى سلاح مدمر. سرعان ما يتقاطع مع فرانسيسكو سكارامانجا المهدد ، وهو رجل قاتل ماهر للغاية لديه رسوم عمل مكونة من سبعة أرقام. ينضم بوند بعد ذلك إلى ماري جودنايت التي ترتدي ملابس السباحة ، ويتعقبان معًا سكارامانجا إلى مخبأ جزيرة استوائية حيث يجذب القاتل المأجور الجاسوس اللامع إلى متاهة مميتة لمبارزة أخيرة.
عندما يسقط حماه -الملك هارولد- مريضًا، يصبح شريك الوريث المنتظر للأرض البعيدة، من أجل عدم التخلي عن حبيبته، يجند شريك أصدقائه الحمار والقط لتثبيت أرتي المتمرد الملك الجديد، ولكن الأميرة فيونا، تنظم مسيرات مجموعة من الصديقات الملكية لدرء انقلاب من قبل الأمير الساحر.