超常現象捜査防衛局のエージェントとして極秘に活動するヘルボーイは、同僚であり恋人でもあるリズとの関係に悩みながら、人類のために魔物退治にあたっていた。ある夜、オークション会場が何者かに襲撃される事件が発生し、ヘルボーイたちは現場に急行して事態を収拾させる。事件の真相を調べるためにニューヨークに向かったヘルボーイたちは、そこではるか昔に人間と争っていたエルフ族とその末裔の存在を知る。

ユダヤの王子ジュダ＝ベン・ハーは、親友であり養子で弟となったメッサラによって、当時ユダヤの地を支配していたローマ帝国の軍隊に対して反逆行為を行ったという身に覚えのない罪で、終身刑を宣告され、奴隷の身でガレー船の漕ぎ手にされてしまう。さらに、母親と妹もローマの牢獄に投獄され、その獄舎でハンセン病に罹ってしまう。ベン・ハーは悲運と幸運に翻弄されながら、奴隷が漕ぐ死のガレー船から生還し、二輪戦車の乗り手となって、最後には家族を探し求めてユダヤの地に戻り、憎きメッサラへの復讐を誓う。