Demi impian menjadi pemain drum terhebat, Andrew, drummer muda berbakat mendaftar di sebuah konservatorium musik dengan mentor Terence Fletcher - yang terkenal dengan cara pengajaran sangat brutal.

Alex, Marty, dan hewan kebun binatang lainnya menemukan cara untuk melarikan diri dari Madagaskar ketika para penguin merakit ulang sebuah pesawat yang hancur. Rakitan tersebut dapat mengudara sesuai dengan jarak ke benua Afrika. Di Afrika, mereka menemukan anggota lain dari spesies mereka. Afrika terbukti merupakan tempat yang liar, tapi Alex dan lainnya ingin tahu apakah Afrika lebih baik dari rumah mereka di Central Park.

Barry B. Benson, seekor lebah yang baru saja lulus kuliah, kecewa dengan satu-satunya pilihan kariernya: membuat madu. Dalam perjalanan khusus di luar sarang, nyawa Barry diselamatkan oleh Vanessa, seorang penjual bunga di New York City. Saat hubungan mereka berkembang, ia menemukan bahwa manusia benar-benar memakan madu, dan kemudian memutuskan untuk menuntut kita.