街中で裸足の男が怪しげなことを口走っている。自分は空間転移装置の事故で異星から飛ばされてきた者だと言うのだ。偶然、この男に話しかけたウラジミールとゲデバンは、同じく男が手にしていた転移装置で、キン・ザ・ザ星雲の惑星ブリュクに飛ばされてしまう。果たして、二人は、この砂漠だけの惑星から無事に地球へ帰りつくことができるのか？

第二次大戦中、"魔の海域"と呼ばれる豊後水道で日本軍の襲撃を受け、自身の潜水艦と部下を失ったリチャードソン中佐。1年後、ナーカ号艦長として再び出動することになった彼は復讐の鬼と化していた。彼が乗り込んだナーカ号は、敵艦と出遭っても攻撃を仕掛けず、ひたすら豊後水道へ突き進んでいく。

時は南北戦争のさなか、気球にのって戦場から脱出した囚人たちは風に流され見知らぬ島にたどり着く。だがそこは通常の何十倍もある大きさの生物が跋扈していた。後から漂着した母娘を加えてサバイバル生活が始まるが、島にはもう一人奇妙な人物が住んでいることが判明する。それはあの伝説のネモ船長だった……。