サムは地球で必要なエネルギー源を採掘するため、3年間で月にたった一人で滞在する仕事に就く。地球との直接通信は許されず、話し相手は1台の人工知能コンピュータだけの環境だったが、任務終了まで2週間を残すある日、サムは自分と同じ顔をした人間に遭遇する。

高価な機械の体を手に入れた富裕層が、生身の体のままの貧しい人々を迫害している未来の地球。貧しい少年・星野鉄郎はスラム街で、機械の体を無料でくれるというアンドロメダ星に行くことを夢見て暮らしている。ある日、鉄郎は、アンドロメダ行き超特急列車“銀河鉄道”のパスをくれるという美女“メーテル”に出会う。彼女に母の面影を見た鉄郎はメーテルに同行することを決める。

新しい仲間とともにウッディ達は楽しい日々を過ごしていた。そんなある日、アンディの部屋にビデオが届く。ウッディ達は早速スイッチオン。見てみるとそれはバズが主演のビデオだった。 バズは仲間のワープと共にリトルグリーンメンを探しに星にいた。しかし、相棒のワープはザーグによって殺されてしまった。

宇宙飛行士スペンサーとアレックスは、シャトルの船外作業中の事故から奇跡的に生還する。だが地球に戻った矢先、アレックスが変死、妻ナタリーも自殺する事件が起こった。スペンサーの妻ジリアンは、元NASA局員と名乗る調査員シャーマンと接触、宇宙で連絡の途絶えた空白の2分に不審な点があること、そしてナタリーが双子を妊娠していたことを知り戦慄する。彼女もまた、夫の帰還後に双子を身ごもっていたのだ。

2157年の深宇宙、マクシムは、自由調査団の宇宙船パイロットを務めていたが思わぬ隕石事故に遭う。未知の惑星に不時着するも宇宙船は大破してしまう。やがて彼は、その惑星が軍事独裁政権「匿名の父たち」に支配され、政府の設置した防衛塔が放つ特殊光線によって国民がマインドコントロールされていることを知る。そんな現状を目の当たりにし、マクシムは自らの命を投げ打つ覚悟で政府に戦いを挑む。

平和な惑星であるアキーアが、残忍なサドルの宇宙軍に征服される。シャドという若者が宇宙船で逃れ、アキーア開放のために勇敢な戦士を探し、戦いに挑む。

ここは近未来。精神医学の極秘リサーチをするために、囚人がモルモットとして人体実験される場所、「DANTE 01」という名の宇宙ステーションへまたひとり、新たな囚人が送り込まれてきた。身元不明のその男が持ち合わせていた特殊能力―。その恐ろしい力を抑制することに躍起になっていた科学者たちだったが、それはこれからはじまる怪奇な現象の序章に過ぎなかった…。