Terluka dan menderita amnesia, Jason Bourne mulai merekonstruksi kembali hidupnya. Namun, ia mendapati banyak orang yang ditemuinya justru menginginkan kematiannya.

Sekali lagi Bourne dibawa keluar dari persembunyiannya secara tidak sengaja oleh wartawan bernama Simon Ross untuk mengungkap Operasi Blackbriar, kelanjutan dari proyek Treadstone dalam serangkaian kolom surat kabar. Informasi dari wartawan mengungkapkan sebuah ingatan, dan Bourne akhirnya mengungkap masa lalu yang gelap sementara menghindari upaya terbaik Perusahaan untuk menyingkirkannya.

Dipaksa keluar dari persembunyian oleh seorang pembunuh, Jason Bourne terdesak masuk ke aliansi rahasia, jebakan, dan aksi saling tembak dalam sekuel memikat ini.

Mantan agen pemerintah Bryan Mills mendapati hidupnya hancur ketika dia dituduh melakukan pembunuhan yang terjadi di dekat rumahnya. Saat dia dikejar oleh inspektur polisi yang cerdas, Mills menggunakan keahlian khususnya untuk melacak pembunuh sebenarnya dan menerapkan gaya keadilan uniknya.