Mr. Freeze en de Penguin breken in Arkham Asylum. Ze zetten hun nieuwste plan in werking en veranderen Killer Croc, Bane en andere schurken in enorme monsters. Zij laten vervolgens een spoor van vernieling achter in Gotham City.
Batman en Robin komen in actie wanneer Gotham City wordt bedreigd door de Penguin, de Joker, de Riddler en Catwoman. Deze keer bundelen de superschurken hun gezamenlijke talenten om het dynamische duo het leven zuur te maken.
Nieuwsproducer Tom O'Hara wordt ontslagen nadat hij de dochter van zijn baas in gevaar heeft gebracht tijdens een live uitzending. Later is hij getuige van de crash van een klein ruimtescheepje van Mars. Hij realiseert zich dat dit zijn grote kans is om een goed verhaal te kunnen brengen.
Om zijn planeet te redden moet het ruimtewezen Harold (Garry Shandling) naar de aarde om een vrouw te vinden bij wie hij een kind kan verwekken. Op de planeet heeft hij als beste het examen over het benaderen en omgaan met vrouwen afgelegd maar eenmaal op aarde komt hij erachter dat het handboek over de vrouw toch niet helemaal compleet was. Hij wordt achtervolgd door een buitenaardsleven-expert (John Goodman), in verwarring gebracht door zijn overspelige en oversekste collega (Greg Kinnear) en dan ontmoet hij ook nog eens de ware (Annette Bening)! Nee, even naar de aarde om je voort te planten is toch makkelijker gezegd dan gedaan...
Batman krijgt te maken met twee nieuwe vijanden: Two-Face, die Batman als schuldige ziet van zijn misvormde gezicht, en The Riddler, een voormalig employee van Bruce Wayne. Ondertussen wordt Dr. Chase Meridan verliefd op Wayne/Batman.
De strijd tussen de Alien en de Predator gaat verder. Dit keer vechten de twee monsters van een andere planeet het gevecht onverwacht uit in Colorado. De inwoners van de stad moeten zich vervolgens wapenen tegen dit geweld en tegelijkertijd ook proberen voor eens en voor altijd een einde aan het terreur van de buitenaardse wezens te maken.
Mr. Freeze is van plan om Gotham City in zijn ijzige greep te krijgen door de hele stad in een permanente winter te dompelen. Ondertussen lukt het de verleidelijke Poison Ivy om de band tussen Batman en Robin te verpesten, en is de butler Alfred stervende. Mr. Freeze is de enige die hem kan redden. Alfred's nichtje helpt als Batgirl om de stad te redden.