ミネソタ州の小さな町にある本屋で、飼い主リンダと仲良く暮らすインコのブルー。読書家で人間顔負けの博識ぶりを誇る彼だが、屋内で育ったために飛び方を知らずにいた。そんな中、リンダのもとをブラジルの鳥類学者チュリオが訪問し、ブルーが絶滅危惧種のアオコンゴウインコだと告げる。絶滅回避のためにリオデジャネイロの研究施設へ来てほしいという頼みを受け、ブラジルへと向かうリンダとブルー。施設で出会った同じ種のジュエルに心ときめくブルーだが、施設に侵入した何者かによってジュエルと共に密売団へと引き渡される。

家族旅行中の不慮の事故で両親を失った5歳の少年ピート。森の奥深くに迷い込んだ彼は、緑色の大きなドラゴンに助けられた。それから6年。ピートは人と関わることなく、“エリオット”と呼ぶドラゴンとともに、わくわくする冒険の日々を過ごしていた。だがそんなある日、森を守るため様々な調査を行なっていたグレースとの出会いをきっかけに、伝説でしかなかったはずのエリオットの存在が人間たちに知られてしまう。