Her begynder legenden om Godzilla, monstrenes konge. Noget grufuldt skjuler sig under havoverfladen ud for Japans kyst. Flere skibe er forsvundet sporløst, og de få overlevende. man finder, er alle døende med svære stråleskader. Da fabler alle om et monster, der er steget op fra dybet. Godzilla er på vej! En halvtreds meter høj skrækøgle, som udspyer radioaktiv ild, er blevet vækket fra sin langvarige dvale. Snart ,står Tokyo i flammer, og hvis ikke monstret stoppes, trues hele verden af ødelæggelse.

Februar 1945. Selv om sejren i Europa er tæt på, fortsætter krigen i Stillehavet. Ét af de mest blodige slag i krigen blev kampen om øen Iwo Jima, der kulminerede i det der for eftertiden blev det mest kendte krigsbillede i historien: Fem marinesoldater og en sygepasser, der sammen hjælpes ad med at hejse det amerikanske flag på Mount Suribachi. Det inspirerende foto blev et symbol på sejr for nationen, og de seks amerikanske mænd blev med det samme helte. Nogle af dem døde hurtigt efter flaget blev hejst, og nåede dermed aldrig at opfatte, at de var blevet udødeliggjorte af billedet. Men ingen af de overlevende mænd, der rejste flaget, var interesserede i at blive symboler eller helte. De ville bare kæmpe sammen med deres kammerater – de soldater, der kæmpede og døde uden fanfare eller hæder.

Ved et tilfælde bliver April sendt tilbage i tiden til det 17. århundredes Japan. De tre ninjapadder sætter straks efter hende. I det gamle Japan må de 4 gutter overvinde en række samuraier anført af den lede Lord Norinaga inden de kan vende tilbage til kloakkerne under nutidens New York.