高名な精神科医のマルコムは、かつて担当していた患者の凶弾に倒れてしまう。リハビリを果たした彼は、複雑な症状を抱えた少年･コールの治療に取り掛かる事に。コールは常人には無い特殊な“第6感”、死者を見る事ができる能力を持っていた｡コールを治療しながら、彼によって自らの心も癒されていくマルコム。そして彼には予想も付かない真実が待ち受けていた･･･｡

中世イタリアの修道院に、イギリスの修道士がやってきた。彼は、おりしも発生した連続殺人事件を調査することになるが……。ウンベルト・エーコの暗喩と象徴に満ちた同名小説の映画化作品。

老朽化したバスルームで対角線上に倒れていたふたりの男ゴードンとアダム。その間には自殺死体が。足を鎖でつながれた男たちに与えられたのは、テープレコーダー、一発の弾、タバコ2本、着信用携帯電話、2本のノコギリ。犯人から告げられたメッセージは「6時間以内に相手を殺すか、自分が死ぬか」。犯人は警察に追われている連続殺人鬼ジグゾウだった。

温厚誠実な銀行員サム・ウィート（パトリック・スウェイジ）は、陶芸家として成功しつつある最愛の恋人モリー・ジェンセン（デミ・ムーア）と幸せな時間を過ごし、同僚の友人カール・ブルーナー（トニー・ゴールドウィン）とも良好な関係を維持しながら順調に仕事をこなし、平穏な日々を送っていた。 ある日、サムは勤め先の銀行で、コンピュータ内の口座データに異変があるのを発見した。カールが手伝おうとしたが、サムは断り残業して調べる…。 後日、サムとモリーが「マクベス」を観劇しての帰り道、モリーがサムに自分の心を打ち明けた。「貴方と結婚したい」。今まで、彼女が避けていた問題だったのでサムは驚く。悩むサムに、モリーはなぜ「愛してる」と言葉にしてくれないのかと問い詰める。「愛してる……」とモリーが言うと、サムは必ず「Ditto（同じく）」と答えていた。 しかしそのとき、暗がりから一人の暴漢がサムを襲った。そしてサムと暴漢は揉み合いになり、暴漢が持っていた拳銃が発砲された。そして暴漢は逃げ、それを追いかけるも取り逃がしたサムが諦めて戻ると、モリーが血だらけの自分を抱いていた。サムは死んでゴーストになってしまったのだ。

看護師アナは夫と暮らすがある朝、怪物のように変貌した隣家の娘に襲われ、夫は命を奪われる。しかも夫は直後、怪物のようになって生き返る。同じころ町では原因不明だが、次々に死者たちがゾンビになってよみがえり、市民を襲っていた。家を後にしたアナは麻薬の売人アンドレなどの生存者たちと出会いながら、あるショッピングモールに到着。モールにはゾンビたちも侵入できず食料も十分だったが、そこもゾンビの群れに襲われる。

目覚めたら出口の無い館に閉じ込められていた8人の男女。猟奇殺人犯ジグソウの新しいゲームが始まる。ゲーム開始と共に遅効性の毒ガスが館内をめぐっていく。2時間以内にゲームに勝ち抜き、解毒剤入り注射器を手に入れないと死んでしまう…。一方、刑事エリックはジグソウを捕まえる。しかしジグソウは動揺することなく、エリックと2人で話をすることを要求する。なんと、エリックの息子はジグソウに監禁されていた。果たして犯人の真の狙いとは？

息子を交通事故で亡くしたジェフは、目覚めると食肉工場の地下室にいた。扉を開けると、そこには鎖につながれた3人の男女。最愛の息子を飲酒運転でひき殺した男、犯人に軽罪しか与えなかった判事、そして事故を目撃しながら証言しなかった女…。「俺は、息子を殺した人間たちを処刑するのか？」　一方、医者のリンは誘拐され、連れて行かれた地下室で、瀬戸際のジグソウと会う。彼の延命手術を成功させなければ、彼女にも死が待っている…。こうして新たなる「ゲーム」が始まった！

ジグソウと弟子アマンダは死んだ。ジグソウ最後のゲーム現場でパズルを解こうと奮闘するホフマン刑事。ケリー刑事殺害のニュースを聞いたFBIからストラム捜査官とペレーズ捜査官も駆けつける。しかしその頃、ジグソウに関わって唯一生き残っていたSWATのリッグが、新たなゲームに強制参加させられていた。与えられた時間は90分。すべての罠をクリアして旧友を救うことが出来るのか、それとも地獄の結末を迎えるのか。このゲームを操っているのは何者なのか？