8月7日の誕生日、0点の答案を見つけたママに叱られたのび太は、他の答案を天井裏に隠そうとして今は亡きおばあちゃんがよく直してくれたぬいぐるみを発見する。 　おばあちゃんを懐かしむあまりにのび太は、ドラえもんと共におばあちゃんが生きていた時代へ向かう。小学生になったのび太を少しも疑わず受け入れるおばあちゃん。そして、「のびちゃんのお嫁さんに会いたい」というおばあちゃんにしずかとの結婚式を見せる約束をする。 　しかし、ドラえもんに未来が変わったかもしれないと言われたのび太がタイムテレビで確認すると、結婚式当日、青年のび太はどこかへ逃げ出してしまっていた。 　果たして、ドラえもんとのび太は青年のび太を連れ戻し、しずかと結婚させることができるのか、そしておばあちゃんとの約束を果たすことができるのか。

宇宙艦隊士官である父親を幼いころに亡くしたカークは、自由な心を持つ行動的な青年に成長するが、父の遺志を継ごうと宇宙艦隊アカデミーに入学。やがてバルカン星からの緊急救助要請を受け、宇宙艦隊のUSSエンタープライズが出発することになり、カークや親友マッコイらアカデミーの若者たちも乗り込むことに。バルカン星を襲ったのは好戦的なロミュラン人だった。カークはサブリーダーのスポックと対立するようになるが……。

現代の40年前の世界。ハテノの森を訪れた少年・ユキナリは、森の中でハンターに追われていたポケモンに出会う。そのポケモンは「セレビィ」といい、時を超える力を持つと言われるポケモンだった。セレビィをハンターから守ろうとしたユキナリは、セレビィの力でセレビィと共に40年後の未来へタイムスリップしてしまう。 現代。旅の途中でハテノの森を訪れたサトシ一行は、セレビィが時を越える際に起こる「森の声」という現象に遭遇。程なくサトシ達は祠の前に倒れているユキナリを発見。ハテノ村の長老トワ達に介抱されたユキナリはセレビィがいないことに気付き、サトシ達と共にセレビィを探しに向かう。傷だらけのセレビィを見つけたサトシ達はトワの下へ戻ろうとするが、そこへセレビィを追っていたロケット団幹部・ビシャスが現れ、セレビィを捕えようと襲い掛かって来た。ユキナリとの連携でビシャスのポケモンを撃退し、何とか逃げおおせたサトシ達は、生き物の傷を癒す不思議な力を持つ湖にたどり着き、そこで一夜を明かす事にする。