Conta la història de quatre divertits animals del zoo de Central Park a Nova York (Alex el lleó, Marty la zebra, Glòria l'hipopòtam i Melman la girafa). Porten tota la seva vida tancats en captivitat sense poder experimentar la llibertat i s'han proposat idear un pla per sortir-ne junts. Un dia, una sèrie de casualitats els porten a aconseguir allò que tant anhelaven i fugen d'aquell lloc. Acaben en plena naturalesa, concretament a la idíl·lica illa de Madagascar. Allà descobriran, amb apassionants aventures, que la vida salvatge és molt diferent del que ells pensaven i que viure en llibertat no és tan fàcil com imaginaven.

Després d'haver estat contaminades amb una misteriosa substància química, anomenada Ooze, quatre tortugues que viuen a les clavegueres de Nova York es transformen i muten, de sobte, en grans tortugues. Ara poden parlar i caminar com un ésser humà. Entrenades per una vella però sàvia rata (el Mestre Estellicó) les quatre tortugues, Leonardo, Michaelangelo, Donatello i Rafael, aprendran tècniques ninja per enfrontar-se als criminals més perillosos. Els seus enemics són els membres d'una secta anomenada "El clan del peu", liderada per l'Esquarterador, que vol esdevenir l'amo del món.

Al Japó, al segle XVII. Quatre samurais persegueixen el príncep Kenshin que s'ha amotinat contra el seu pare. Detingut i empresonat, Kenshin agafa un ceptre. Dels nostres dies, a Nova York, la periodista April O'Neil, ha vingut a oferir als seus amics Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo i Splinter el mateix ceptre que ha trobat en un antiquari. Mentre que en llegeix la inscripció, desapareix i Kenshin apareix en el seu lloc. Les quatre tortugues Ninja tornen al segle XVII per lliurar April i ajudar la princesa Mitsu a resistir a la invasió de les tropes del rei Norinaga. Seran ajudats per un jove pirata Whit Whitley, l'avantpassat de Casey Jones…