FBI特別捜査官チェット・デズモンドは町のウエートレス、テレサ・バンクスの殺害事件を調査中に謎の失踪を遂げる。それから1年後、町全体に巣くった邪悪な者達は学園の女王であるローラ・パーマーを標的にし始めていた。時を同じくして、テレサ・バンクス殺害事件の捜査を引き継いだ特別捜査官デイル・クーパーは、彼に備わった特別な才能、鋭い第六感を生かして深い謎を解明しようと決意するのだった。

森の奥深く、湖のほとりの山小屋でネルという若い女性が発見される。外界から隔絶されていた彼女は人間の言葉をしゃべらない。純粋な彼女の姿に、周囲の人々は次第に打ち解けていくのだが……。

一度死んで蘇り、期限付きの命を燃やす青年・天空寺タケル。彼は英雄の力を得て戦う仮面ライダーゴーストだ。そして、ロイミュードとの争いを終え、ベルトさんに別れを告げた泊進ノ介＝仮面ライダードライブ。 共通の敵・眼魔を追う中で出会った２人の仮面ライダーは、突如巻き起こった時空のゆがみにより、10年前の世界へ飛ばされてしまう！そこには進ノ介と知り合う前のベルトさん、今は亡きタケルの父の姿があった。 一方、過去へ“異物”が迷い込んだ影響で、現代では何とロイミュードが復活を遂げていた！マコト、剛、そして大切なものを守って散ったあの男も現れ、必死に食い止めるが、ロイミュードの力はより強まっていた。２人が現代に戻らなければ、人類が危ない。しかしタケルは父の命を奪う魔の手が迫ることに気づいていた…！彼は過去に残り、父を救う決意を固める。それが眼魔の手によって蘇った「世紀の大天才＝レオナルド・ダ・ヴィンチ」が仕掛けた“罠”と知らず…。