In 2029 ontsnapt Scrooge uit een onderzoeksfaciliteit waar hij als proefpersoon was opgesloten. Zijn lichaam is opnieuw vormgegeven door genetische manipulaties en hij gebruikt zijn paranormale kracht om de jagers te doden. Op een dag ontmoet hij een ander proefpersoon genaamd Carol. Wanneer drie paranormale achtervolgers de twee opsporen, vraagt Carol aan Scrooge om zijn rechterarm te gebruiken om een wapen uit haar lichaam te halen.
Terwijl Sakura verdrinkt in de duistere duisternis van de zonden die ze heeft begaan, leidt Shirou's gelofte om haar ten koste van alles te beschermen hem in een woedende strijd om een einde te maken aan de Heilige Graaloorlog. Zal Shirou's wens Sakura bereiken, zelfs als hij het lot uitdaagt in een wanhopige strijd tegen het opkomende tij?
De oorlog om de Heilige Graal: een gewelddadige strijd tussen tovenaars waarin zeven meesters en hun opgeroepen dienaren vechten om de Heilige Graal, een magisch artefact dat iedere wens van de overwinnaar kan vervullen. 10 jaar geleden zorgde de eindstrijd van de vierde editie van deze oorlog voor chaos in Fuyuki City, met bijna 500 slachtoffers en een verwoeste stad als gevolg.
Shiro Emiya is een doodgewone leerling met een heel normaal leventje. Maar wanneer hij op een nacht aangevallen wordt door een kwaadaardig wezen, zet dat zijn bestaan volledig op zijn kop. Shiro raakt betrokken bij een heroïsch gevecht om het bezit van de Heilige Graal die iedere wens in vervulling doet gaan.
10 jaar na de Heilige Graal oorlog (een gewelddadige strijd tussen tovenaars waarin zeven meesters en hun opgeroepen dienaren vechten om de Heilige Graal, een magisch artefact dat iedere wens van de overwinnaar kan vervullen) breekt er een nieuwe oorlog uit in Fuyuki City. Shirou Emiya, de geadopteerde zoon van Kiritsugu Emiya die bij de vorige oorlog betrokken was, wil de laatste wens van zijn stervende vader vervullen.
De film is een adaptatie en uitbreiding van de Planetarische visuele roman van Key. Het verhaal speelt zich af in een dystopische toekomst waarin biologische en nucleaire oorlogsvoering een ooit welvarende beschaving volledig in puin heeft achtergelaten. De film vertelt het verhaal van een oude man die rondreist met een mobiele planetarium projector om mensen de sterren te laten zien.
Yukito Kunisaki is op zoek naar een meisje met vleugels, die voorkomt in een verhaal uit zijn jeugd. Tijdens deze reis vestigt hij zich kort in een dorp. In dit dorp ontmoet hij een vreemde dame genaamd Misuzu. Hij raakt bevriend met haar en besluit te blijven in het dorp. Maar zijn zoektocht naar het meisje met vleugels blijft hij voortzetten.