Zootropolis er navnet på en ganske særlig by, hvor dyr på to ben lever i fred og fordragelighed. Kaninen Judy Hopps har en drøm om at blive politibetjent, men hun har alle odds imod sig. Aldrig før har en kanin klaret sig igennem træningsforløbet, hvor konkurrenterne er langt større dyr som isbjørne og næsehorn. Gennem hårdt arbejde og en hel del snilde bliver kaninen den første af sin slags til at iføre sig politiskilt og blå uniform. Judy flytter fra sin lille fødeby ind til det larmende Zootropolis, hvor hun i første omgang bliver sat til at uddele parkeringsbøder. Lettere utilfreds med situationen kaster hun sig ud i det, indtil hun møder den snu svindler, ræven Nick Wilde. Da et mysterium om et af byens dyr ender på Judys bord, går det op for kaninen, at hun må arbejde sammen med Nick for at opklare sagen.
De to unge fupmagere Miguel og Tulio har fuppet sig til Latinamerika, hvor de i byen Eldorado modtages som guder. Men de bliver til en lus mellem to negle i stridighederne mellem høvding Tannabok og medicinmanden Tzekel-Kan, statens kamp mod religionen. Heldigvis hjælper indianerpigen Chel dem. Imens er den legendariske indianerslagter Cortez og hans flåde også ved at finde Eldorado, hvilket kan vise sig at blive den største trussel af dem alle.
Det er jul i New Yorks zoologiskhave. Den yngste pingvin finder ud af at isbjørnen ikke har nogen at fejre jul med, og begiver sig på en mission for at finde en julegave til ham. Men noget går galt, og han bliver kidnappet af en gammel dame. Nu må de tre resterende pingviner hjælpe deres tilfangetagede kammerat, for som pingvinernes grundregler siger: 'Bad aldrig i varm olie og kagemiks', eller var det 'svøm aldrig alene'?
Løven Alex, zebraen Marty, giraffen Melman og flodhesten Gloria hygger sig på Madagascar. Da de får mulighed for smuttur hjem til New York, så de siger ja tak. De får nemlig flyvelejlighed med de tre pingviner, der i sin tid var skyld i, at de havnede på Madagascar. De fire venner kommer dog ikke længere end til Afrika, og her finder de ud af, at der findes andre giraffer, løver, zebraer og flodheste end dem.
Helten blev tilbage i Atlantis med sin nye kærlighed, Prinsesse Kida, mens resten af ekspeditionen vendte tilbage til Jordens overflade. Imidlertid visser det sig ikke at holde bare at "glemme" Atlantis. Et forfærdeligt havuhyre dukker op og synes at være forbundet med Atlantis, så venner må have fat i Milo og Kida igen. Snart sker der også mystiske ting ude i ørkenen, og til sidst forsvinder et spyd fra Whitmores samling. Alt sammen pager hen mod en truende katastrofe, som denne gang ikke blot vil ramme Atlantis, men hele Jorden.