Al cap de 40 anys, la tinent Ripley, única supervivent de la nau "Nostromo", es recollida de la seva càpsula de salvament i deshivernada. Durant tot aquest temps el planeta d'on va sortir l'Alien, el LV-426, és colonitzat però s'ha perdut tota comunicació amb els seus habitants. Per investigar el succeït s'envia un equip de marines espacials, amb Ripley al capdavant de l'expedició. El que els espera allà no és només una criatura, en són milers....
Un comando de mercenaris és contractat per la CIA per rescatar uns pilots capturats per les guerrilles a la selva Centreamericana. La missió resulta satisfactòria, però durant el seu viatge de tornada s'adonen que alguna cosa els està caçant un per un, aquesta cosa resulta ser un caçador alienígena que es queda amb les calaveres de les seves víctimes com a trofeus.
La nau de la confederació espacial USS Reliant rep senyals de vida del planeta desèrtic Ceti Alfa V, i decideix investigar-les. Entre la tripulació de la Reliant que baixa al planeta es troba l'oficial Chekov, antic membre de l'Enterprise. Però l'únic que troba l'expedició és una balisa encesa entre les restes de la nau Botany Bay.
L'estat emocional del Dr. Powell està sent desafiat per un dels seus pacients al pavelló de psiquiatria; Prot, qui reclama ser d'un altre planeta, ha anunciat la seva partida de la terra, i la resta dels pacients s'apunten també per anar amb ell. Aquesta situació deixa al Dr. Powell preguntant-se sobre les seves pròpies habilitats per distingir la realitat de la fantasia.
Estem en el segle XXIII i un misteriós poder alienígena amenaça la Terra, evaporant els oceans i destruint l'atmosfera. En un frenètic intent per salvar la humanitat, Kirk i la seva tripulació viatgen en el temps i tornen al San Francisco de 1986, trobant-se amb un món de punks, pizza i autobusos de canvi exacte que resulten ser tan alienígenes com tot el que s'han trobat als llocs més recòndits de la galàxia. Una missió emocionant i repleta d'acció per a la nau espacial Enterprise.
Després d'anys de guerra, la Federació i l'imperi Klingon es disposen per a una conferència de pau. Però el panorama d'una negociació intergalàctica amb implacables enemics, preocupa a l'Almirall Kirk. “Són animals!”, adverteix. Quan una nau Klingon és atacada i responsabilitzen a l'Enterprise, els gossos de la guerra tornen a ser alliberats: ambdós mons es preparen per al que pot ser la seva trobada definitiva.
La vigília del 4 de juliol, unes gegantines naus espacials apareixen al cel. L'estupor inicial es converteix en terror en veure com aquestes ataquen el planeta llançant raigs destructius a les ciutats més grans de tot el món. Ara l'única esperança per a la salvació de la terra és la voluntat d'alguns supervivents, que s'uneixen planejant l'últim atac massiu contra els alienígenes, abans que sigui massa tard per a la humanitat.
Un asteroide de la mida de l'estat de Texas apunta directament cap a la Terra. A la NASA, només hi troben una possible solució: enviar un equip d'astronautes a l'espai perquè destrueixi el meteorit abans que xoqui amb el nostre planeta. Per això recorren a Harry S. Stamper, el major expert en perforacions petrolíferes, i al seu qualificat equip de perforadors, perquè aterrin a la superfície de l'asteroide, el perforin i introdueixin un dispositiu nuclear que en esclatar aconsegueixi desviar la seva trajectòria i poder salvar el planeta.
La victòria de l'almirall Kirk sobre Khan i la creació del planeta Gènesi són triomfs inútils. Spock ha mort i McCoy, inexplicablement, s'ha tornat boig. Una visita de Sarek, el pare de Spock, revela quelcom esglaiador: McCoy està albergant en el seu cos l'essència vital de Spock. Kirk tracta d'ajudar als seus amics, segresta l'Enterprise i desafia la quarantena imposada per la Flota Estel·lar en Gènesi. Però els Klingon també descobreixen l'existència de Gènesi i van a la trobada de Kirk en una cita que podria ser mortal.
Ja fa dos anys des que la Enterprise acabés la seva missió. La majoria de la tripulació resta a la Enterprise millorant-la sota la supervisió del nou capità en funcions William Decker. En James T. Kirk ha estat ascendit a almirall, el Dr. McCoi ara és un metge civil, l'Spock resta a Vulcà practicant el Kolinahr. Un misteriós núvol d'energia és detectat en espai Kinglon i sembla dirigir-se a la Terra, destruint pel camí tres naus Klingon classe K't'inga i l'estació Epsilon 9. Un cop més, la nau estel·lar Enterprise salparà a la recerca del desconegut, aquest cop per a intentar salvar la Terra.
El capità Jean-Luc Picard i la tripulació de l'Enterprise-D es troben en contradicció amb el científic renegat Soren ... que està destruint sistemes solars sencers. Només un home pot ajudar en Picard... i és mort des de fa setanta-vuit anys.
Uns platets voladors procedents de Mart es troben sobre totes les capitals del món, i tota la humanitat conté la respiració esperant veure quines són les seves intencions. Entre ells està el president dels Estats Units, l'assessor científic del qual li assegura que seran absolutament pacífics. No obstant això els seus assessors militars li aconsellen que anihili als marcians abans que sigui massa tard.
Un grup de policies de Los Angeles s'enfronta a un misteriós assassí que esquartera les seves víctimes amb un salvatgisme inusitat. Aviat el cap del grup, el capità Harrigan, descobrirà que el seu enemic és un alienígena arribat a la Terra amb l'únic propòsit de practicar la caça.
L'afamat arqueòleg i aventurer Henry "Indiana" Jones torna a l'acció quan esdevé involucrat en un complot sovièticn que pretén descobrir el secret que s'amaga darrera els misteriosos objectes coneguts com les calaveres de cristall.
La nau Enterprise es dirigeix al planeta Nimbus III per negociar l'alliberament d'uns ambaixadors segrestats. Allí descobriran que el cap de la banda és un parent de Spock obsessionat per trobar el planeta que és considerat la font de la vida.