En dag faller piken Sheeta ned fra himmelen. Rundt halsen bærer hun en magisk krystall som har vært i familien i flere generasjoner. Denne magiske krystallen er både pirater og hæren ute etter, fordi den viser vei til Laputa, himmelslottet oppe i skyene. Fra himmelen faller hun i armene til guttungen Pazu og sammen danner de et unikt vennskap og drar på en reise for å finne den siste svevende byen som er igjen etter menneskenes ødeleggelser.

12 år gamle Anna er sendt til landsbygda for sommeren. I en villa ved vannet treffer hun Marnie. For alle andre i bygda er huset forlatt, men når Anna nærmer seg er det som om tiden stilles tilbake og huset fylles med liv. Anna og Marnie blir bestevenner, men en dag er hun plutselig borte. Hvem er egentlig Marnie?

I et forlatt Tokyo som er fullt av bobler og avvik i tyngdekraften, har en begavet ung mann et skjebnesvangert møte med en mystisk jente.