麦の刈入れが終わる頃。とある農村では野武士たちの襲来を前に恐怖におののいていた。百姓だけで闘っても勝ち目はないが、麦を盗られれば飢え死にしてしまう。百姓たちは野盗から村を守るため侍を雇うことを決断する。やがて、百姓たちは食べるのもままならない浪人たち7人を見つけ出し、彼らとともに野武士に対抗すべく立ち上がる……。

地球滅亡のカウントダウンが迫る中、かつての盟友である銀時、高杉、桂はそれぞれの想いを胸にひた走る。 だが彼らの前に立ちはだかったのは、あまりにも哀しい絆を持つ人物…… 銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽とは別の人格、虚（うつろ）だった――。 最後にして最大の敵・虚は、自らの命を終わらせるため、地球を丸ごと道連れにしようとしていた。 虚の野望を阻止し、師匠・松陽の悲願を胸に戦い続ける銀時たちを援護するため、新八、神楽、真選組、かぶき町の面々、かつてのライバルたちまでもが参戦する！ 巨大化してゆく虚の力。己の命をかけて対峙する高杉。 ぼろぼろになった銀時が最後に見たものとは…！銀時は果たして、すべてを終わらせることができるのか…！ 星の生命力“アルタナ”のエネルギーで生まれた魔人、虚（うつろ）。 長い年月をかけて生まれ変わりを繰り返してきた不老不死の化け物、 その中でつかの間に現れた人格が、かつて松下村塾を開き、幼い銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽だった…。

平安時代、羅生門の下で雨宿りをする下男（上田吉二郎）相手に、旅法師（千秋実）と杣売り（志村喬）が奇妙な話を語り始める。京の都で悪名高き盗賊多襄丸（三船敏郎）が山中で侍夫婦の妻（京マチ子）を襲い、夫（森雅之）を殺害したという。だが、検非違使による調査が始まると、盗賊と妻の証言はまったく異なっており……。

南北戦争時代のアメリカ。北軍の士官として参軍したネイサン・オールグレン大尉は南軍やインディアンと戦いの中、無関係のインディアン部族を攻撃し、子供たちを撃ち、良心の呵責に悩まされ酒浸りになる。日本の実業家の大村はバグリー大佐を介し軍隊の教授職として雇いに来ていた。当時の日本は明治維新で近代国家建設のために急速な近代的軍備増強が必要だった。多額の報酬に魅せられたオールグレンは、僚友ガントとともに日本に渡り、軍隊訓練を指揮する。

盲目のやくざ・市がある宿場町に到着した。その町はやくざの銀蔵一家に支配され、人々は苦しい生活を強いられていた。ここで市はおうめの家に厄介になる。賭場にて遊び人でおうめの甥の新吉と出会い、幼少時に盗賊に両親を殺害され、その親の仇を探して旅をしている芸者の姉妹と出会う。脱藩して職を失った浪人もこの町にたどりつき、剣術の腕を買われて銀蔵一家の用心棒を務める。とある飯屋で市と浪人は出会い、互いに相手の剣術の凄さを見抜くのだった。

世界中に産業革命の波が押し寄せ、近世から近代に移り変わろうとした頃、突如として不死の怪物が現れた。後にカバネと呼ばれる事になるそれらは、甲鉄の皮膜に覆われた心臓を持ち、噛んだ者までもカバネにしてしまう。カバネは爆発的に増殖し、全世界を覆いつくしていった。極東の島国である日ノ本で、分厚い装甲に覆われた蒸気機関車、通称・駿城の一つ、甲鉄城に乗り込んだ生駒たちは、熾烈な戦いを潜り抜け、カバネと人の新たな攻防戦の地、日本海に面する廃坑駅「海門」に辿りついた。生駒たちは、同じくカバネから「海門」を奪取せんとする、玄路、虎落、海門の民と「連合軍」を結成し、カバネ撃退の策を立てるのだが、「海門」の地にはある〝秘密〟が隠されているのだった-。

元寇の役における博多湾での海戦を、オールスター・キャストで描いたスペクタクル時代劇。 台風シーンは、東宝特撮陣を招いて撮影された。 もはや神風にでも頼らなければ、日本は戦争に勝てないと思って製作されたような気もする、挙国一致の気概をあおる愛国映画である。