江戸時代、ある事件により2人の幼馴染と婚約者を失った坂崎磐音 (いわね)。九州から江戸へ移った彼は、昼はうなぎ屋で働き、夜は両替商の用心棒という生活を送り始める。穏やかな人柄により周囲の人々から信頼を持たれる磐音だが、あるとき新貨幣をめぐる陰謀に巻き込まれてしまう。
銀行を襲ったクレメンズ三兄弟は、逃亡用の馬を盗むために、町外れの牧場に向う。兄弟は、地主のクローデルを殺し、その妻ハニー(ラクエル・ウェルチ)をレイプし、家に火をつけて、去った。何もかも失った彼女は復讐を誓い、賞金稼ぎのプライスから射撃を習い、2人はクレメンズたちを追い詰めて行くが...