トーマス・アンダーソンは、大手ソフトウェア会社に勤めるプログラマである。しかし彼には天才ハッカー、ネオというもう一つの顔があった。ある日、彼はとある人物から連絡を受け、警察に追われる。そして彼から衝撃的な世界の真実を告げられた。

巨大な宇宙貨物船に侵入した一匹の異星生物の恐怖。地球への帰途についていた宇宙貨物船ノストロモ号は、謎の救難信号を受けて未知の惑星に降り立つ。そこには異星人の船があり、船内には無数の奇怪な卵が存在していた。卵から飛び出した奇妙な生物が顔に貼り付いた航宙士ケインを回収し、ノストロモ号は再び航海につくが、彼の体内にはすでに異星生物の幼体が産みつけられていたのだ。ケインの腹を突き破り姿を現したエイリアンは脱皮を繰り返し巨大に成長、一人また一人と乗組員を血祭りにあげていく……。

未来からの抹殺兵器ターミネーターを破壊し、近未来で恐ろしい戦争が起こる事を知ってしまったサラ・コナー。カイルとの子供ジョンは母親から常にその戦争の話や戦いへの備えの話を聞かされていた。サラは周囲から変人扱いされ精神病院へ収容されジョンは親戚の家で暮らしていた。ある日ジョンの前に執拗にジョンを狙う不審な警官が現る。軌道を逸した警官の行動は明らかにジョンを殺害しようとしていた。殺されるその寸前、見知らぬ屈強な男が現れジョンを救う。彼は自らをターミネーターでありジョンを守るべく再プログラムされ未来から送り込まれたと告げる。ジョンは病院の母親を連れ出し、最終戦争を起こす原因であるコンピューターシステム「スカイネット」を破壊するため、ターミネーターと共にサイバーダイン社へ向かうが・・・

主人公ジョニー・リコは、高校卒業後地球連邦軍に入隊して宇宙戦艦のパイロットを志望するカルメン・イバネスに憧れ、両親の反対を押し切って軍に入隊。優秀なカルメンは艦隊アカデミーへ、超能力者の友人・カールは情報部へ配属されるが、リコは機動歩兵隊へ配属され、訓練キャンプでしごかれる日々を送る。訓練中、自らの判断ミスにより同期一人を殉職させる事故を起こしたことで、一旦は軍隊をあきらめようとしたリコだったが、奇襲攻撃で故郷ブエノスアイレスが壊滅したため機動歩兵に復帰し、宇宙での戦いに加わる。

人類の最期の砦「ザイオン」に残されたのは72時間。それを過ぎれば25万のセンチネルに襲われるだろう。しかしモーフィアスの信念は堅い。オラクルによればネオがこの戦争に終止符を打つ。一方のネオはヒントを得るためオラクルに会いに行く。

地球温暖化が進んで一部の海に近い土地が沈み、妊娠・出産に厳しい許可制度がしかれ、人間の代わりに多くの資源を必要としないロボットが活躍する未来。その時代に人間と同じ愛情を持つ少年型ロボットとして開発されたデイビッドは、彼を製作したロボット製造会社の社員、ヘンリーとその妻モニカの元へ試験的に送られる。夫妻には不治の病を持つ息子のマーティンが居たが、現在は冷凍保存で眠っていて目覚める保証はなく、実質的に子供がいないのと同じだった。

コンピュータ・ソフトの開発者ホールは、ヴァーチャル・リアリティの技術を使ってコンピュータ内に1937年のロサンゼルスを再現しようとしていた。だが上司が何者かに殺される事件が起こり、ホールが容疑者となってしまった。アリバイが無いどころか、犯行時間の記憶自体失っているホールは、突然の事態にパニックとなる。やがて彼は、研究の過程で1937年の仮想世界と現実世界を行き来していたことを知る。その鍵を握るのは“13階”……。制作は「インデペンデンス・デイ」のローランド・エメリッヒ。

戦争の影響で人々は地上に住むことが困難になり、星も見えない世界。かつて“屑屋”と名乗っていた男は“星屋”と名を変え、地下で生活する人々に星の美しさを伝えている。また、彼に敬意を払う人々には“星の人”と呼ばれていた。そんな世界を旅する星の人には、ある心残りがあった。旅の途中で3人の少年少女に出会った星の人は、かつて知り合ったロボットの少女と、彼女と出会った“封印都市”のことを思い出す。

地下都市に住む青年リンカーンは最近同じ夢を見続けるのが悩みであり、疑問でもある。彼が住む都市では、安定した暮らしと引き換えに住民はすべてを管理され、抽選で選ばれて地上最後の楽園“アイランド”に引っ越すことが理想とされた。やがてリンカーンは、ひょんなことから“アイランド”の真実を知ってしまう。リンカーンは、好意を抱いた女性ジョーダンが“アイランド”に行くのを阻止し、彼女と都市の外部へ脱出する。

21世紀初頭。全米No.1の巨大複合企業であり、アメリカでの家庭用医薬品シェア90%を誇るアンブレラ社。その裏の姿は、細菌兵器の開発などを行う「死の商人」であった。ある日、ラクーンシティにある秘密地下研究所で、研究中のT-ウイルスが何者かの手によって漏れ出し空調設備を通じて所員全員がT-ウイルスに感染した。ウイルスの漏えいを防ぐため施設の制御コンピュータ「レッド・クイーン」はハイブ内の各通路を封鎖し、500人を超える所員全員を死亡させて汚染を施設内に封じ込めた。この事故を知ったアンブレラ社は、事故の原因はレッド・クイーンの誤作動と判断しレッド・クイーンをシャットダウンするため特殊部隊を現地へ派遣する。

いつからか雨が止まなくなり、住民が郊外や高台へと移り住んでいった街・rain town。打ち捨てられ、誰もいない廃墟と化した「雨の街」の奥深くへと迷い込む少女。そこで出会う、かつての街の記憶を持つ一人ぼっちのロボット。どこか寂しさとノスタルジアを感じるほの暗くも美しい世界の情景を、静謐な音楽と降りしきる雨の音のみで優しく描いた作品。

アンブレラ社の地下秘密研究所「ハイブ」でのバイオハザード発生から2日後、その真上にあるラクーンシティでは住民達がいつもと変わらぬ日常を送っていた。しかし、ハイブで起きた事件を調査すべく派遣されたアンブレラ社の社員が封鎖された地下入り口を開けると、高濃度のウイルス反応が検知され調査隊は内部から出てきたクリーチャーによって襲われてしまう。その結果、ウイルスによる汚染が街にまで蔓延し人々は次々と感染してゾンビ化、街中で人を襲い始めてアンデッド達が溢れ出し、壊滅状態になった。事件の隠蔽を図るアンブレラ社はラクーンシティを封鎖する。

悪ガキコンビのビルとテッドが今度は地獄めぐりの旅に？いきなり冒頭で死んでしまう二人だが、片足突っ込んだ地獄でも忌み嫌われるのは当然で、案内役の死神もほうほうのていなのだが、いつしか気持ちも通じ、現世に彼らと共に帰ってポップス界に殴り込みをかけ、一躍人気バンドとなってしまう……。

スカイネットを破壊、予見されていた最終戦争の日も過ぎたが、ジョンの心には母親から刷り込まれた戦争の話が無くなったとは思えず不安な毎日を過ごしていた。そんな中、未来より新たなターミネーターがジョンの仲間となる兵士達の抹殺のために送られてくる。新型ターミネーターT-Xは、ジョンを発見したことで、ジョン自身の殺害プログラムを優先し彼を追うが、たまたまいっしょにいた女性と共に別のターミネーターT-850に救われる。T-850は未来のジョンの妻ケイトによりリプログラムされ送られたのだった。ジョンとケイトは最終戦争開始の日である審判の日は回避することはできず、スカイネット自体も破壊を免れており起動を待ち軍事基地に現存している事を知らされる。スカイネット起動時間が迫るなか、ジョンとケイトは起動を阻止すべくT-850の指示のもと、アメリカ軍基地へ向かうが・・