悪の天才メガマインドは、自分と正反対に人々の人気と尊敬を集めるスーパーヒーロー・メトロマンをライバルと定め、果てしない争いを続けていた。だがあるとき、メガマインドはついにメトロマンを倒し、骨に変えてしまう。自分でもまさか信じていなかった勝利に、メガマインドは喜びより戸惑いを覚える。宿敵を失った彼は悪行にも張り合いをなくし、やむなく自らの力で新たなライバルヒーローを作り出そうとする。

少女パンジの住むグルメス国では、世界最高の宝石「リッチストン」を掘り出すために、軍隊が村の家や田畑を破壊し続けていた。苦しむ村人たちだが、強力な軍隊の力の前では、暴挙を止めさせることはできない。パンジは村を抜け出し、武術の神・武天老師に助けを求めるため旅を始めるのだった。

西暦2346年新都市ヨコハマ──想像を絶するクライマックスがあなたを襲う！生き残るため人口抑制政策をとる新都市ヨコハマを舞台に支配者とレジスタンスとの戦いを描くアクション・エンタテインメント！3強初対決シリーズ遂にファイナル！